工伤人员休息的，不应该扣年终奖。如果劳动合同明确规定年终奖金属于劳动报酬的一部分，或者用人单位将发放年终奖金规定在规章制度里，那么用人单位不能无故扣发员工的年终奖金。
工伤认定后是否可以扣奖金需要根据公司的内部规章来进行规定，但是认定工伤之后，用人单位会进行补偿。劳动者经工伤认定为工伤后，获得以下赔偿：生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；治疗工伤的医疗费用和康复费用；终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金。
《工伤保险条例》第三十三条
职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。
生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。
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【法律依据】：《工伤保险条例》
第十四条职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：
(一)在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的；
(二)工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的；
(三)在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的；
(四)患职业病的；
(五)因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；
(六)在上下班途中，受到机动车事故伤害的；
(七)法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。
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