液体菌种是相对固体菌种而言的，是指生长在液体培养基中的菌种或菌丝体。液体菌种的制作工艺在工业上称为深层培养或深层发酵。与固体发酵过程一样，是将纯种微生物接种到含有适当营养成分的灭液体菌培养基内，在控制温度条件下进行培养，根据需要，供给或不供给氧气。食（药）用菌都是好氧型真菌，需要在搅拌通气条件下培养。
深层发酵技术是成熟的工业技术。我国食（药）用菌的深层发酵技术的研究始于20世纪60年代，此后有食（药）用菌深层发酵技术的应用研究的报道。例如：提取诸如多糖、有机酸、氨基酸、酶等代谢产物；生产食（药）用菌菌丝体作食品、食用添加剂或饲料，开发新的食品来源；开发食（药）用菌饮料、保健食品或药品等。
早在20世纪70年代就有利用深层发酵技术培养液体菌种用于食用菌栽培的研究，并有大面积应用的历史。近年又有大量的应用研究报道。与固体菌种生产相比，深层发酵生产液体菌种主要优点是劳动力和厂房的需要少，产品均匀，易于控制且生产效率高，同时，液体菌种具有生产周期短、菌丝发育点多、接种后菌丝蔓延迅速、菌龄整齐等优点，在一定条件下用于菇床、菌种瓶及栽培袋的接种可以明显缩短生产周期。例如用液体菌种生产麦粒种，温度适宜时，3～5天后便布满全瓶，比固体菌种接种要快几倍。用液体菌种拌料栽培平菇、凤尾菇、金针菇及蛹虫草等，拌种后，在适宜条件下培养，10～20天即可出菇。
目前，液体菌种在生产和应用上也有一些限制因素和尚待解决的问题。首先，液体菌种的生产不仅需要较昂贵的设备，能耗较大，环境条件、操作技术要求更高，如环境条件差，操作不当就会发生严重的污染。其次，液体菌种对原料的要求高，不能利用木屑、棉籽壳等农副产品。另外，液体菌种不易贮存，不利运输，因此，液体菌种必须就地及时使用。此外，液体菌种培养过程中，有时会出现所谓“去双核化”现象，使双核菌丝体变成单核菌丝体，从而给进一步扩大培养和栽培带来一定的风险。所以，大大限制了液体菌种在食用菌制种和栽培上的发展利用。在其不易贮运、不耐贮藏等问题没有得到实质性解决之前，食用菌生产仍将以固体菌种为主。
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