1、选用生物酶 因酶具有高度的专一性，而用生物酶发毛肚主要是将蛋白质水解，使毛肚嫩化，故只能选用水解蛋白酶来作为酶制剂。
2、对制木瓜蛋白酶溶液 将木瓜蛋白酶按1%~1.5%的比例对入清水中。
3、选择保水剂 ，在食品工业中一般用聚磷酸盐作为保水剂，它属于食品添加剂中品质改良剂的范畴。一般用于毛肚的保水剂有三聚磷酸钠和焦磷酸钠。
4、保水致脆，将发好漂净的毛肚放入一盆内，加入少许清水(以刚好淹没毛肚为度)，再按总重量(毛肚和水)的2加入三聚磷酸钠、1加入焦磷酸钠后，搅拌均匀，浸泡2小时即可。
毛肚口感脆嫩，爽口化渣，几乎是四川火锅必上的一道菜。说起毛肚，其实是牛的四个胃中第三个胃，胃内有许多大小不同的叶瓣，叶瓣表面有粗膜。市售的毛肚分为新鲜毛肚和干制毛肚，但都必须经过发制才能食用，若直接入锅涮烫食用，其口感则如同嚼橡皮，很难下咽--我们平常在火锅店里吃到的毛肚，均是发制过的。 现在，大多数商家或火锅店发制毛肚都采用碱发的方法，即用食用碱(碳酸钠、碳酸氢钠)来发制。用碱发制出来的毛肚，虽然口感上达到了质量要求，但却有三大缺陷。首先，毛肚的营养成分受到严重破坏，这是由碱的腐蚀性所决定的。
1、选料：一般选用新鲜毛肚或干制毛肚。新鲜毛肚即是直接割取下来的毛肚；而干制毛肚实为盐渍毛肚，它是把新鲜毛肚用盐腌渍出水分后略风干制成，这样更利于贮藏和运输。
2、处理：新鲜毛肚洗净黏液，刮去粗膜，即可。而干制毛肚则是须先将其盐分漂净，除去杂质，整理干净后，再放入清水中泡涨(吸收部分水分)。
3、选用生物酶：
因酶具有高度的专一性，而用生物酶发毛肚主要是将蛋白质水解，使毛肚嫩化，故只能选用水解蛋白酶来作为酶制剂。在食品工业中运用最多的水解蛋白酶是植物蛋白酶中的木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶和无花果蛋白酶，它们获取相对容易，价格也相对便宜。目前，人们对木瓜蛋白酶研究得最多，并且它的热稳定性较高，专一性较为宽泛。因此，发制毛肚时，我们锁定为木瓜蛋白酶。
4、对制木瓜蛋白酶溶液：
将木瓜蛋白酶按1%～1.5%的比例对入清水中。注意：这里所使用的木瓜蛋白酶为100%纯度的，呈粉末状，故用量很少；操作时，避免用手直接接触高纯度的木瓜蛋白酶，否则皮肤也会被酶解；另外，还要防止木瓜蛋白酶失去活性(应在低温下保存)，否则失去活性的木瓜蛋白酶对毛肚也起不到任何作用，这是因为酶本身就是一种蛋白质，也可发生变性，酶发生不可逆变性后，则完全丧失活性。
5、发制毛肚：
将初步处理过的毛肚放入木瓜蛋白酶溶液中，在常温下浸泡10～20分钟，捞出，用清水漂洗干净，即可。注意：厚大的毛肚发制时间可稍长，酶溶液的浓度可稍高，而薄小的发制时间可稍短，酶溶液的浓度可稍低，这样可以使毛肚的发制程度一致；将发好的毛肚漂净是为了避免酶继续作用于毛肚，使毛肚过度嫩化而糜烂。
发好的毛肚可直接涮烫后食用，但其内部水分却很容易渗出损失(与碱发毛肚一样)，造成毛肚不脆。其实，毛肚致脆的关键是在于内部要有足够的水分，并且在涮烫时还要保持住，不易损失。因此，还要对发好的毛肚进行保水处理。
用生物酶发毛肚的方法，还可用于黄喉、鸭肠、鹅肠的发制，只是酶溶液的浓度要低些，发制时间要短些。目前，市场上已出现一种专门用于发制毛肚、鸭肠、鹅肠的腌粉，其发制原理与生物酶发制原理是一样的。腌粉是将蛋白酶和保水剂等混合在一起的粉状物，腌制时两者同时作用于原料。这里顺便把使用腌粉的方法简要地介绍一下，用腌粉发制原料时，只须1%的腌粉放入表面略湿润的原料中拌匀，腌制一段时间(鸭肠、鹅肠30分钟，新鲜毛肚4小时)即可，用腌粉发好的原料不能再用清水漂洗，否则会使原料的保水性能降低，如不急用，则必须放入冰箱内保存，抑制酶的活性，防止过度嫩化。