国家环境保护总局于1999年7月8日通过了《环境保护部门规章和规范性文件修正案》，并正式发布执行。此修正案由局长解振华签署，旨在根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十四条第二款的要求，对包括《防治尾矿污染环境管理规定》、《环境工程设计证书管理办法》和《建设项目环境保护管理办法》在内的六项规章进行修订。
其中，《环境工程设计证书管理办法》（原国家环境保护局第十五号令1995年2月6日发布）的修订内容如下：
原第十九条规定，若持证单位的设计责任导致重大质量事故、严重环境污染和经济损失，将由发证机关吊销设计证书并按相关法律、法规给予处罚。现修正为：在发生此类问题时，发证机关将收回或宣布《设计证书》作废，并依据法律、法规进行处罚。
原第二十一条规定，针对持证单位的违规行为，环保部门可给予通报批评或中止使用设计证书，严重时发证机关可降低证书级别或吊销。修订后，对违规行为的处理更为严厉，可能包括降低证书级别、收回或宣布作废证书。
以上修正案中的第十九条和第二十一条内容与原国家环境保护局令第15号中的第二十条和第二十二条相对应。
《环境工程设计证书管理办法》已于1994年12月22日经国家环境保护局局务会议通过，现予发布，自1995年8月1日起施行。*注：本篇法规已被《环境保护部门规章和规范性文件修正案》（发布日期：1999年7月8日 实施日期：1999年7月8日）修改*注：本篇法规已被《关于废止、修改部分规章和规范性文件的决定》（发布日期：2006年6月5日 实施日期：2006年6月5日）废止