中国科学院南京地质古生物研究所是一个专注于古生物学和地层学研究的综合性机构，致力于基础和应用基础研究。研究领域广泛，包括古无脊椎动物学、古植物学、地层学、沉积学以及分子古生物学等。研究所内设有专门的研究室，如古植物与古孢粉学研究室、古动物学研究室、微体古生物学研究室，以及一个现代古生物学及地层学开放研究实验室，为科研人员提供了先进的研究平台。
自1988年成立以来，经过40多年的积累和发展，研究所不断壮大，拥有一支实力强大的科研队伍。她不仅在学术上取得了丰硕的成果，而且在科技力量、技术条件和国际交流方面也达到了较高的水平。研究所与英国的大英自然历史博物馆和美国的斯密逊博物研究院并列为世界古生物学研究的重要中心，体现了其在全球古生物学领域的领先地位。
今年，南京地质古生物研究所荣幸地入选中国科学院“知识创新工程”试点单位，标志着其在科学研究和创新能力上又迈上了一个新的台阶。这标志着研究所将继续在古生物学领域推动科技进步，为全球古生物学研究做出重要贡献。
中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年5月7日，其前身为中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室（组）。 著名地质古生物学家，中国科学院副院长李四光教授为首任所长，此后斯行健院士，赵金科院士，吴望始研究员,曹瑞骥研究员，穆西南研究员，沙金庚先后任所长，现任所长为杨群研究员。