据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所在建所以来，共在科学刊物上发表论文8000余篇、各种科技专著380余册；在古生物分类研究中，建立1500多个新属，12000多个新种；自1956年以来，有200余项科研成果获得国家、中国科学院及省部级奖励，其中27项获国家级奖励，特别是在早期生命起源和寒武纪大爆发、重大地史时期生物的辐射、灭绝与复苏、全球界线层型、早期植物的起源与演化等领域获得了一系列研究成果。
重大研究成果举例：
1、六亿年前最早的地衣化石（Science，2005）、前寒武纪两侧对称动物演化的证据（Science，2006）以及6.32亿年前动物休眠卵化石（Nature，2007）等重大发现连续三年被评为“中国基础研究十大新闻”。
2、“澄江动物群与寒武纪大爆发”（与云南大学、西北大学合作）获得2003年度国家自然科学奖一等奖。
3、“全球二叠系-三叠系界线层型研究”（与中国地质大学合作）获2002年度国家自然科学奖二等奖。
4、“寒武系和奥陶系全球层型剖面和点位（金钉子）及年代地层划分”获2008年度国家自然科学奖二等奖。
5、“中国的乐平统和二叠纪末生物大灭绝”获得2010年度国家自然科学奖二等奖。 据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所是国务院学位委员会首批博士学位、硕士学位授予点，共有四个专业二级学科硕士研究生培养点，三个二级学科博士研究生培养点以及建有两个博士后科研流动站。
二级学科硕士点（4个）：古生物学与地层学、地球生物学、地质工程、“矿物学、岩石学、矿床学”
二级学科博士点（3个）：古生物学与地层学、地球生物学、“矿物学、岩石学、矿床学”
博士后科研流动站（2个）：古生物学（古无脊椎动物学与古植物学）、地层学 据2015年12月研究所官网信息显示，中国科学院南京地质古生物研究所共有68位在读研究生和十余位博士后及外籍访问学者；该所先后共有1人获中国科学院院长奖学金特别奖，1篇入选江苏省2013年度优秀博士论文，1篇入选江苏省2015年优秀硕士论文。
中国科学院院长奖学金特别奖获得者（1人）：王博（2009年）
江苏省2013年度优秀博士论文：王亚琼（辽西早白垩世非海相介形类的分类学、生物地层学和古生态学）
江苏省2015年优秀硕士论文：唐卿（安徽省淮南地区新元古代刘老碑组有机质壁微体化石）
中国科学院南京地质古生物研究所考研试题
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