成立于1951年5月7日的中国科学院南京地质古生物研究所，其历史渊源可以追溯到中央研究院地质研究所和前中央地质调查所的古生物室（组）。该研究所由著名地质古生物学家、中国科学院副院长李四光教授担任首任所长，后由斯行健院士、赵金科院士、吴望始研究员、曹瑞骥研究员、穆西南研究员和沙金庚等知名学者接任领导职务，现任所长为杨群研究员。
作为我国唯一的古无脊椎动物学和古植物学专业研究机构，南京地质古生物研究所享有亚洲最大古生物学研究机构的美誉，并被国际学术界誉为“世界三大古生物学研究中心”之一，体现了其在该领域的领先地位。
1998年，研究所成为中国科学院首批知识创新工程试点单位，致力于利用我国丰富的古生物与地层资源，结合人才和学术优势，开展基础研究和应用基础研究。目标是通过与国内外其他学科的联合，以及积极参与国际合作，推动古生物学和生物地层学领域的前沿创新，为我国地层古生物学发展以及全球地质学和古生物学理论研究做出重大贡献。
南京地质古生物研究所致力于建设成为全球知名的古生物学与地层学研究中心，集标本收藏、展示、信息数据管理和人才培养于一体，拥有一批高素质的专业团队，其中12位学者曾当选为中国科学院院士，显示了研究所的强大实力和科研实力。
中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年5月7日，其前身为中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室（组）。 著名地质古生物学家，中国科学院副院长李四光教授为首任所长，此后斯行健院士，赵金科院士，吴望始研究员,曹瑞骥研究员，穆西南研究员，沙金庚先后任所长，现任所长为杨群研究员。