中国科学院南京地质古生物研究所一直以来都秉持着全球化的学术交流理念，致力于人才培养。自成立以来，已招收并培养了164名研究生，其中包括49名博士研究生（含1名联邦德国博士）和87名硕士研究生。自1988年设立博士后流动站以来，该所已接纳了十多名优秀博士后研究人员，不断壮大研究团队。
研究所与全球100多个国家和地区的300多个学术机构保持着密切的学术文献交流，并且在国际学术界有着广泛的影响力。目前，研究所的49名科技人员在国际学术组织、期刊编委会和会议中担任了91种职务，显示出其在国际科研领域的显著地位。
人员结构上，研究所拥有137名科技人员，其中包括3位院士、43位研究员和33位副研究员，以及研究生和博士后等不同层次的专业人才。其中，8位学者获得国家自然科学基金委的“杰出青年基金”，5位获得中国科学院的“百人计划”，2位获得中组部的“千人计划”，以及3位科技部重大项目“首席科学家”称号，显示了研究所的科研实力和人才储备。
在研究生教育方面，该所是国务院学位委员会首批学位授予点，设有古生物学与地层学和地球生物学等多个专业，培养出了一大批优秀高层次的研究人才，为我国古生物地层事业做出了重要贡献。博士后流动站自1988年起，吸引了30多位国内外优秀博士后进行科研工作，目前在站人员已达10人。
中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年5月7日，其前身为中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室（组）。 著名地质古生物学家，中国科学院副院长李四光教授为首任所长，此后斯行健院士，赵金科院士，吴望始研究员,曹瑞骥研究员，穆西南研究员，沙金庚先后任所长，现任所长为杨群研究员。