南京的研究所有：
1. 中国科学院南京地质古生物研究所
该研究所是中国古生物学研究的权威机构，致力于古生物学、地层学、古生态学和地球生物学等领域的研究。它拥有国内外知名的专家团队和先进的科研设施。
2.南京航空航天大学航空航天研究所
南京航空航天大学航空航天研究所是我国航空航天领域的重要研究机构之一，主要从事航空航天技术的研究和科技创新。该所与国内外众多企业和研究机构有着紧密的合作关系。
3.南京大学物理学院研究所
南京大学物理学院研究所是国内物理学领域的重要研究基地之一，主要从事物理学领域的科学研究和高层次人才培养。该所拥有优秀的科研团队和先进的实验设备。此外，南京大学还有其他研究所，如计算机科学与技术研究所和化学化工学院的研究所等。它们在各自的领域都有卓越的科研成果和影响力。南京还拥有许多其他领域的研究机构，如中国科学院南京分院、南京邮电大学通信技术研究所等。这些机构涵盖了自然科学、工程技术、人文社会科学等多个领域的研究工作，为南京的科研发展提供了坚实的支撑。具体名称可能随时有所变动和增加，请以相关网站或宣传资料发布的内容为准。同时可以根据专业背景来具体查询相应的研究机构情况以了解更为具体的信息。综上所述南京有着众多优秀的研究机构为科研发展提供了良好的环境和平台。