广东省水文条例第六章着重于水文监测环境与设施的保护，确保其功能不受工程建设的影响。首先，第二十八条规定，任何单位在水文测站（如东江、西江等重要河流）上下游特定范围内进行新建、改建或扩建工程，必须在得到水行政主管部门同意后进行，并确保不损害水文测站的原有监测功能。若工程影响导致测站需改造，费用由工程建设单位承担。
对于水文测站的迁移或改建，第二十九条强调，建设单位在项目立项前需经批准，并承担迁移或改建费用。迁移或改建必须确保不降低原有标准。此外，政府会依据技术标准划定保护范围，如东江等大河流的监测河段边界为上下游各一千米，沿海风暴潮位站则以基本监测断面周围二百米为边界，水文监测场地和设施周围也设有特定保护范围。
在进行水文监测时，第三十条强调了安全措施。监测人员在河道、水库等地进行工作时，需设置警示标志，并要求过往船舶和车辆减速或避让，相关部门如海事、公安和交通运输部门需提供协助。在通航水域进行监测，需提前向海事管理机构申请并在获准区域进行。
最后，第三十一条强调了对水文监测设施的保护。任何单位和个人不得侵占、损坏或擅自使用这些设施，一旦因自然灾害受损，设施管理部门必须迅速修复以保持其正常运行。
《广东省水文条例》经2012年11月29日广东省十一届人大常委会第38次会议通过，2012年11月29日广东省第十一届人民代表大会常务委员会公告第93号公布。该《条例》分总则、水文规划与建设、水文监测与情报预报、水文水资源调查评价、水文资料汇交管理与使用、水文监测环境与设施保护、法律责任、附则8章37条，自2013年1月1日起施行。