台湾降将施琅被康熙任命为水军提督，负责收复台湾。三藩基本平定后，康熙接受了福建总督姚启圣的建议，决定乘郑氏集团内乱的时机用武力收复台湾。施琅走马上任后，立即着手调整兵力，训练水师。为了等待适当的时机，出师时间一拖再拖。转眼到了康熙二十一年（1682），一时群言四起。这期间，施琅与姚启圣又在进剿战术安排上意见相左，施琅三次上书要求授予他专征权，由他统领军队自行进剿。尽管康熙对一再推迟出兵也有不满，但他没有被舆论左右，考虑到海战须避风浪，事先很难猜度，他采取了十分慎重的态度。他用人不疑，为了确保战斗胜利，同意了施琅的请求，给予他专征大权。
康熙二十二年（1683）七月，施琅率领两万多名官兵，分乘230多艘战船，直捣澎湖。战斗从清晨一直持续到傍晚，矢石如密集的雨点，炮火遮住了天空。经此一战郑军主力几乎全军覆没，台湾的门户被打开了。困守孤岛的郑克见大势已去，不得不派人向清军送上降表。施琅率领的清军在鼓乐声中登上台湾岛，郑克率属下列队恭迎。至此，台湾与大陆重新统一。