从康熙元年（1662年）郑成功从荷兰殖民者手中收复台湾到康熙二十二年（1683年）延平王郑克投降
施琅大军，共计约22年。大致过程如下：
康熙元年（1662年）
郑成功收复台湾，驱逐荷兰侵略者，不久即病逝，内部发生争讧。清朝乘机派使者，企图说服郑成功之子
郑经归降清朝。郑经为了减轻压力，与清朝谈判，交出
南明皇帝赐给的敕书、印玺。清朝要求台湾人众迁回内地，剃发易服，郑经不允，谈判未成。
康熙二年（1663年），清朝出兵攻打郑氏据守在大陆上的最后一个据点厦门，郑经战败，退出厦门，逃奔台湾。清朝乘胜派舟师出征台湾，在海上突遇台风，船只沉没，无功而返。
康熙六年（1667年），清廷派总兵孔元章，赴台湾议抚，答应郑经如归顺，可封“八闽王”，郑经犹豫不决，后以“和议之策不可久，先王之志不可坠”（
《海纪辑要》），拒绝清朝的招抚。
康熙亲政后，邢部尚书明珠奉旨入福建，主持和议，派知府慕天颜入台，宣示招抚之意。清廷做了重大让步，允许郑氏封藩，世守台湾。郑经则提出：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣”（江日升
《台湾外记》）。康熙答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人”（《明清史料丁编》第三本）。康熙不愿台湾成为独立于中国之外的国家，故谈判破裂。
此后发生三藩之乱，中原战火弥漫。郑经乘机与
吴三桂、耿精忠勾结，占领厦门与漳州、泉州、潮州、惠州各地。转战数年，吴三桂失败，郑经孤军难支，又退回台湾。清朝再一次争取谈判，郑经再次要求“请照
琉球、高丽外国之例”，而康熙坚决不同意，双方各持自己的立场谈判又无结果。 不久，郑经病逝，其子郑克嗣位。
康熙起用施琅，授福建水师提督。福建总督姚启圣供应后勤，与施琅和衷共济，保证了施琅出征的粮食和物资供应。
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）施琅率兵两万余人，乘战船二百余艘出征。郑克则派勇敢善战的刘国轩守澎湖。澎湖大战，郑军大败。清军击沉敌船159艘，郑军死伤12000人，浮尸遍海，刘国轩仅率31艘船逃回台湾。
澎湖战败，郑克等极为恐慌。施琅进行政治争取工作，对被俘的台湾兵将，优礼相待，赏给银米。郑氏已无抵抗能力，于7月27日向清军奉表纳降，呈交延平王金印和户口土地册籍。康熙接受投降，台湾遂告统一。
康熙二十三年（1684年），清廷始设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，在台澎分别驻兵1万人，设官治理、
筑城戍守，台湾宝岛得以统一于清朝政府之下。