食用菌发生病虫害后，即使能及时采取措施加以控制，也已不同程度地影响了产量和品质，还多费工时，增加成本，效果也不会理想。所以，发病前采取各种措施加以预防，可以收到事半功倍、一劳永逸的效果。另外，食用菌病虫害的防治措施，都有其局限性，单独采取一种防治方法，难以有效地解决病虫害危害问题，需要根据具体情况，采用几种措施间的补充和协调。因此，食用菌病虫害的防治工作与农作物病虫害防治一样，也应遵循“预防为主，综合防治”的方针。综合防治就是要把农业防治、物理防治、化学防治、生物防治等多种有效可行的防治措施配合应用，组成一个有计划的、全面的、有效的防治体系，将病虫害控制在最小的范围内和最低的水平下。基本的综合防治措施如下：
（1）生产环境卫生综合治理
食用菌生产场所的选择和设计要科学合理，菇棚应远离仓库、饲养场等污染源和虫源；栽培场所内外环境要保持卫生，无杂草和各种废物。培养室和出菇场要采取在门窗处安装窗纱，防止菇蝇飞入等措施。操作人员进入菇房尤其从染病区进入非病区时，要更换工作服和用来苏尔洗手。菇房进口处最好设一有漂白粉的消毒池，进入时要先消毒。菇场在日常管理中如有污染物出现，要及时科学处理等（参见第一章的相关内容）。
（2）生态防治
环境条件适宜程度是食用菌病虫害发生的重要诱导因素。当栽培环境不适宜某种食用菌生长时，便导致其生命力减弱，给病虫害的入侵创造了机会，这也就是“生存竞争、优胜劣汰”的原则。如香菇烂筒、平菇死菇等均是菌丝体或子实体生命力衰弱而致。因此，栽培者要根据具体品种的生物学特性，选好栽培季节，做好菇事安排，在菌丝体及子实体生长的各个阶段，努力创造其最佳的生长条件与环境，在栽培管理中采用符合其生理特性的方法，促进健壮生长，提高抵抗病虫害的能力。此外，选用抗逆性强、生命力旺盛、栽培性状及温型符合意愿的品种；使用优质、适龄菌种；选用合理栽培配方；改善栽培场所环境，创造有利于食用菌生长而不利于病虫害发生的环境，都是有效的生态防治措施。
（3）物理防治
利用不同病虫害各自的生理特性和生活习性，采用物理的、非化学（农药）的防治措施，也可取得理想效果。如利用某些害虫的趋光性，在夜间用灯光诱杀；利用某些害虫对某些食物、气味的特殊嗜好，可进行诱杀；链孢霉在高温高湿的环境下易发生，把栽培环境湿度控制在70%、温度在20℃以下，链孢霉就迅速受到抑制，而食用菌的生长几乎不受影响。此外，防虫网、黄色黏虫板、臭氧发生器等都是常用的物理方法。
（4）生物防治
利用某些有益生物，杀死或抑制害虫或害菌，从而保护食用菌正常生长的一种防治方法，即所谓以虫治虫、以菌治虫、以菌治菌等。其优点是，有益生物对防治对象有很高的选择性，对人、畜安全，不污染环境，无副作用，能较长时间地抑制病虫害。生物防治的主要作用类型有：
①捕食作用 有些动物或昆虫以某种害虫为食物，通常将前者称作后者的天敌。如蜘蛛捕食菇蚊、蝇，捕食螨是一种线虫的天敌等。
②寄生作用 寄生是指一种生物以另一种生物（寄主）为食物来源，它能破坏寄主组织，并从中吸收养分。如苏云金芽孢杆菌和环形芽孢杆菌对蚊类有较高的致病能力，其作用相当于胃毒化学杀虫剂。目前，常见的细菌农药有苏云金杆菌（防治螨类、蝇蚊、线虫）、青虫菌等；真菌农药有白僵菌、绿僵菌等。
③拮抗作用 由于不同微生物间的相互制约、彼此抵抗而出现微生物间相互抑制生长繁殖的现象，称作拮抗作用。在食用菌生产中，选用抗霉力、抗逆性强的优良菌株，就是利用拮抗作用的例子。
④占领作用 绝大多数杂菌很容易侵染未接种的培养基，相反，当食用菌菌丝体遍布料面，甚至完全“吃料”后，杂菌就很难发生。因此，在生产中常采用加大接种量、选用合理的播种方法，让菌种尽快占领培养料，以达到减少污染的目的。
（5）化学农药防治
在其他防治病虫害措施失败后，最后可用化学农药，但尽量少用，大多数食用菌病原菌也是真菌，使用农药也容易造成食用菌药害。其次是食用菌子实体形成阶段时间短，在这个时期使用农药，未分解的农药易残留在菇体内，食用时会损坏人体健康。在出菇期发生虫害时，应首先将菇床上的食用菌全部采收，然后选用一些残效期短，对人畜安全的植物性杀虫剂，如可用500～800倍的菊酯类农药防治眼蕈蚊、瘿蚊；用烟草浸出液稀释500倍喷洒防治跳虫。食用菌栽培中发生病害时，要选用高效、低毒、残效期短的杀菌剂，常用的甲醛，对培养料和覆土可用5%的药液，每立方米用500毫升喷洒，并用塑料薄膜覆盖闷2天。甲醛还可作为熏蒸剂，每立方米空间用10毫升加热蒸发，杀死房间砖缝、墙面上的各类真菌孢子。其他常用的消毒剂还有石炭酸、漂白粉、生石灰粉等（参见第二章有关内容）。
（6）注意事项
值得注意的是，目前食用菌广泛使用的多种农药均未做过食用菌食品安全的相关分析，使用方法和估计的残留期都仅是以蔬菜为参考。然而食用菌与绿色植物的生理代谢不同，有关基础研究十分缺乏，对此需引起我们高度重视。