根据联合国粮食及农业组织与世界卫生组织（FAO/WHO）、国际益生菌和益生元科学协会（ISAPP）以及中国营养学会《益生菌与健康专家共识》中给出的定义，益生菌是指当给予一定数量时，能够给宿主带来健康益处的活的微生物。
它们绝大多数“居住”于人体的消化道及生殖系统之中，可以通过多种方式增强人体健康，能够产生明确的健康功效，诸如改善肠道微生物的组成结构，调节人体免疫功能，预防或减轻多种疾病的发生，例如益生菌可以预防艰难梭菌相关性腹泻，辅助治疗胃幽门螺杆菌感染。
目前可用于食品和膳食补充剂工业生产的益生菌菌株大多属于乳酸杆菌类（如鼠李糖乳杆菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌）、双歧杆菌类（如长双歧杆菌、动物双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、嗜热双歧杆菌）、嗜热链球菌、马克斯克鲁维酵母等。而在我国，比较常见的益生菌有20多种。
特别需要强调的是，益生菌具有菌株特异性，也就是说当我们谈到益生菌时，必须明确到菌株号（例如鼠李糖乳杆菌Lr-32、长双歧杆菌BB536等），否则都是不准确的。
此外，由于绝大多数益生菌都是厌氧菌，被人体口服后，它们可能会在通过胃和小肠的过程中死亡，只有当数量庞大时，或进行较好的包衣处理后，极少数“幸运者”才能进入大肠并存活下来，所以服用益生菌制剂时需要特别注意以下2点：
①一般饭后用温开水或温牛奶冲服，避免水温过高；
②活菌制剂与抗酸药、抗菌药、药用活性炭等一起服用可能会减弱疗效，应避免同服或应至少间隔2小时左右。
什么是益生元？
了解完“益生菌”之后，我们再来聊聊它的好搭档“益生元”。
益生元的概念由益生元之父格伦·吉布索提出，指一些不被宿主消化吸收却能够选择性地促进体内有益菌的代谢和增殖，从而改善宿主健康的有机物质（一般为非淀粉多糖或低聚糖）。
而根据2021年中国营养学会发布的《益生元与健康专家共识》中所描述，益生元是一类不能被人体吸收利用、但能被特定微生物（如肠道中的有益菌）选择性利用的食物成分，从而起到给宿主带来健康益处的作用。
益生元虽然不能直接对机体起作用，但它能促进益生菌的生长繁殖，抑制致病菌在肠道的定植和生长，从而改善肠道微生态，通俗的说，益生元就是益生菌的“养料”或“食物”。
例如低聚半乳糖能促进双歧杆菌的生长，并能被肠道菌群发酵成短链脂肪酸，从而有助于改善肠道生理功能。不仅如此，还有部分益生元具有改善钙吸收和促进骨健康，帮助改善大便性状和频率，促进营养素的代谢的作用，甚至可作用于免疫系统，减少感染和过敏风险。
国际益生菌和益生元科学协会（ISAPP）最新定义指出菊粉（如下图所示）、低聚果糖、低聚半乳糖等寡糖和多糖，植物提取物，多不饱和脂肪酸，酚类等均可作为益生元使用，但证据等级较高的还是经典定义中的那几类低聚糖。
目前，大多数的益生元被当作食品添加剂，用于涂抹酱、乳制品、饼干、巧克力、谷类食品等的制作，而乳果糖则是医院常见的益生元成分。此外，益生元还存在于许多天然的高纤维食物中，如一些水果、蔬菜和谷物等
从益生菌和后生元的定义来看，益生菌强调的是活菌，而后生元则是不含有活菌，即通过一定的方式有意对微生物细胞进行灭活，主要包括灭活菌体、细菌代谢产物以及菌体细胞裂解物等组分。由于后生元不含有活菌，因此其天然具备安全性高和稳定性强的特点，很好地解决了益生菌在应用过程中遇到的难点，极大地扩展了后生元的商品型态和适用场景。
一般传统活菌型益生菌,需经过传统三部曲,才能对人体发挥健康作用。
第一部: 需有包埋技术,保护活菌顺利通过胃酸与胆盐.
第二部: 肠道需有良好的菌相,这些活菌才能顺利在肠道驻扎定殖.
第三部: 这些活菌经过48~72小时，才能生成对人体产生健康功效之代谢产物.
我们通常讲的死菌，系代表未能通过上述三部曲考验,在人体内死掉的菌。
而后生元,系利用专利热封技术,生产制作的灭活菌. 利用高科技设备, 模拟人体肠道环境, 直接生成对人体产生健康功效之代谢产物. 饮用后直接吸收,不需透过活菌型之传统三部曲。后生元是对宿主健康有益的无生命微生物和/或其成分的制剂，主要包括灭活菌体、细菌代谢产物以及菌体细胞裂解物等组分。在微生物研究领域，后生元是近些年兴起的一个研究热点，也是肠道健康新的解决方案。相比于益生菌，后生元具有耐氧耐高温、耐加工和耐久存等突出优点，且不存在细菌移位、耐药性基因传递或者致病菌污染等严重安全隐患，不需要定植就能发挥平衡肠道菌群、增强免疫、调节生理机能和促进动物健康生长等作用。
随着替抗时代的来临，后生元将成为一类具有广阔应用前景和巨大商业价值的新型健康原料。后生元可以应用于食品、动保等领域。例如食品添加后生元、动物饲料添加剂等。
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