益生菌和益生元的区别在于，益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但它们影响肠道菌群平衡的方式完全不同。
益生元是它是一种膳食补充剂，而益生菌是一种有益的活性微生物。
一、益生菌
益生菌是一类对宿主有益的活性微生物，是定植于人体肠道、生殖系统内，能产生确切健康功效从而改善宿主微生态平衡、发挥对肠道有益作用的活性有益微生物的总称。
人体、动物体内有益的细菌或真菌主要有：酪酸梭菌、乳酸菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、放线菌、酵母菌等。
益生菌可分成三大类：
①乳杆菌类如嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、詹氏乳杆菌、拉曼乳杆菌等。
②双歧杆菌类如长双歧杆菌、短双歧杆菌、卵形双歧杆菌、嗜热双歧杆菌等。
③革兰氏阳性球菌如粪链球菌、乳球菌、中介链球菌等。
益生菌的四大作用：
1.帮助营养物质的消化吸收。
2.产生重要的营养物质，例如益生菌能产生维生素包括泛酸、尼克酸、B1，B2，B6及维生素K等同时能产生短链脂肪酸、抗氧化剂、氨基酸等等对骨骼成长和心脏健康有重要作用。
3.抵抗细菌病毒的感染，提升免疫力。
4.预防和治疗某些疾病，例如肠道疾病、呼吸道感染、生殖系统感染、过敏、口臭、胃溃疡等。
人体补充“益生菌”是直接吃进活的细菌，让吃进去的“好细菌”来抑制“坏细菌”的生长和产生。
二、益生元
益生元是一种膳食补充剂， 是通过选择性的刺激一种或少数种菌落中细菌生长与活性而对寄主产生有益的影响从而改善寄主健康的不可被消化的食品成分。成功的益生元应是在通过上消化道时，大部分不被消化而能被肠道菌群所发酵的。
它只刺激有益菌群生长，不是有潜在致病性或腐败活性的有害细菌。
益生元能够被肠道内有益细菌分解吸收促进有益细菌生长繁殖。例如，双歧因子是促进肠内双歧杆菌生长的益生元。
人体补充“益生元”，是通过提供有益细菌喜欢的食物来扶持有益细菌的生长和繁殖，从而压制有害细菌的生长空间。
益生菌和益生元的区别在于益生元的进入能促进给身体内有益细菌的生长，从而改善人体内环境。而益生菌是一种有益细菌，是从外部进入体内的一种有益细菌，通过它的加入，可以改变人体内菌落的结构，增加有益菌成分，让机体得到改善。