(一)社会价值分化与改革方案选择
1978年改革开放以来，我国不仅在城乡社会内部各自发生了重大的分化，而且整个社会的总体结构也发生了深刻的社会变迁。以政治分层为主要特色的社会分层结构逐步为政治、经济、文化和技术分层并立的多元社会分层结构所代替，社会阶层分化已成为当前社会结构变化中的显著特征之一。
相对于计划经济体制下简单化的“社会共同目标”，在当前的市场经济条件下就变得十分难以界定。而且在各个阶层和社会群体的利益差距变大的时候，确定社会共同目标或提取公共利益也变得十分困难。更为严重的是，在某些情况下，如果没有认识到价值判断、价值取向和价值定位对制度创新的前提性，制度创新甚至可能片面地以某些社会阶层利益为价值基准，成为特定阶层或利益群体谋取“增长剩余的分配份额”的行政工具。这里所谓的增长剩余的分配份额是指:土地增值产生了增长剩余，在特定时间空间下增长剩余的总量是确定的，总剩余在各个阶层之间的分配比例。很显然，价值定位不相同，必然会影响管理者对总剩余在各个阶层的分配比例。
以征地中公共利益的界定为例，首先，公共利益界定本身就是颇有争议的问题。从国外的法律实践来看，各国对土地征收公共利益的界定原则就各不相同。在加拿大，征地的目的必须为公共利益服务，征地的范围严格限制在为公共服务的交通、能源、水利、环境保护、市政建设、文物遗迹保护、学校、医院以及社会福利等;在新加坡，公共利益的界定则较为宽泛，根据1985年修订的《新加坡土地征收法》规定:“当某一土地需要———a作为公用;b经部长批准任何个人、团体或法定机构为公共的利益或公共利用，需要征收该土地作为某项工程或事业之用;c作为住宅、商业或工业区加以利用。总统可以在公报上发布通知，宣布该土地需要按通告中说明的用途加以征收”;而在美国，各州法律对公共利益范围的界定都不完全相同，除了直接的公共使用以外，现在美国多数法院把“公共用途”扩展到包括具有公共利益的用途，比如贫民窟的改造、高速公路的配套设施用地，包括停车场、加油站、旅馆等。
从现在我国的实际情况来看，目前存在大量公共利益与非公共利益混杂的现象，很难在实际中科学界定公共利益。如有的地方作为交通枢纽的一、二层建造地铁大厅，而上面却建造商业写字楼;有的地方修建广场的同时还建造商业性的地下车库、商业街等。我们曾经作过一个关于开发区用地是否属于公共目的的调查，结论是50%的被调查者认为是公共目的，50%的被调查者认为是非公共目的，正好是1∶1。其次，公共利益是一个动态的概念。我们今天理解的公共利益和数十年前理解的公共利益就有很大差别，再过5～10年，人们可能又会修正现在对公共利益概念的界定。比如商业开发以前被严格排除在公共利益的范畴之外，但现在，大多数国家都认同商业开发在一定程度上也体现公共利益。最典型的就是美国辉瑞公司征地、拆房建制药厂的案例，当地居民认为房屋反映了当地的历史和特点，拆除房屋建工厂不符合公共利益。但美国联邦最高法院最终以“有利于增加就业机会、增加财政收入”、“公共利益是不特定多数人的利益，只要符合本地不特定多数人的利益，就是符合公共利益的”为理由，确认征地是符合公共利益的。由此可见，公共利益是一个发展的、动态的、主观的概念。
目前，关于农村土地产权制度改革主要有五种思路和主张:①土地国有制;②土地集体所有制，包括按份共有制、股份合作制、强化承包或承包权永久化、集体所有制下的自由式;③土地私有制，包括土地私有、自耕农所有制、有限私有制、农村土地家庭财产权或土地家庭所有制;④两级或复合土地产权制，包括国有与集体所有制、集体与私人所有制、国家与个人所有制;⑤多级土地所有制。这些思路和主张，都各有其理。如何在社会价值高度分化的环境下，合理选择农村土地产权制度改革方案，似乎是一个“公说公有理，婆说婆有理”的命题。
(二)城乡土地的二元结构
我国土地管理中的许多问题都根植于城乡土地制度的“二元”结构。城乡土地的制度性障碍带来一系列负面后果:第一是剥夺了农村从城市化发展中受益的可能性;第二是城乡土地转换过程中所产生的巨大经济驱动力，使得耕地保护更为困难;第三是地方政府或官员凭借制度壁垒，取得丰厚的“地位获得”，容易产生新的不公平并会导致腐败。
但是，如果简单地打破城乡土地的“二元”结构，允许农村土地直接进入城市土地市场，又将导致一系列新问题的出现。如“村村大发展、村村像城市”可能就不是个别地区的个别现象，而成为全国性的问题。“村村大发展、村村像城市”这种模式带来的社会经济负面影响和后果可能表现在:①城市“无序、无协调”式的空间发展;②城市蔓延式发展无法避免;③耕地保护、生态和环境建设将会变得越来越困难;④房地产市场泡沫及其风险可能会超出预想的规模，国家宏观经济调控的难度将加大。城市蔓延和无序式发展模式将导致巨大的基础设施浪费和土地利用之间的负面外部效应，其代价可能是无法估量的。因而，“村村大发展、村村像城市”的发展模式带来的代价可能会远远超过目前城乡土地市场分割所产生的问题和后果。
国际经验表明，制度是不同形式的交易，不能因为某些人的反对或上访就简单的进行改革。从美国的发展历史看，在实行奴隶制的250年时间里，只发生过50人以上的群体事件4次;但在废除奴隶制以后的150年时间里，却发生了无数次的带有暴乱性质的群体事件。从这一史实中可以看出，制度先进了反而群体事件大幅度增加。因此，我们不能简单地用群体事件的多少或上访指标来判断制度设计的优劣程度。判断和结论应当在客观冷静的分析以后做出可能更为合适。
从国际发展趋势看，总体上是国家对私有土地干预越来越多，土地的公权力不断得到强化。例如，美国在过去的125年里，土地私有产权的保护与土地公共利益的冲突时不时地将官司打到最高法院，但最后大多是公权力得到维护。最典型的是2005年的Kelo案件，城市政府为了振兴经济，强制征用115个居民和商用地产，用于兴建临河旅馆、餐厅、商店和码头，15个私人业主联名起诉政府违反了宪法第五条修正案，结果最高法院判决政府胜诉。国际上一些著名的土地问题研究专家，都非常羡慕我国的公有土地产权制度。但是，目前国内对私人产权的完全维护似乎已成为主流观点，一些地方也以维护农民利益为旗帜，认为应将农村土地人格化后进入城市土地市场。如何解决城乡土地的“二元”结构问题，还真是处于“理还乱”的状态。
(三)土地公共权力与集体土地物权
从1978年农村土地制度改革至今，我国城乡土地产权制度改革就是要克服长期以来公有土地之上只见国家(集体)权力而不见个人权利的缺陷，优化和重建公有土地物权构造，以实现公有土地中“公共土地权力和个人土地权利”的分化、界定和平衡，建立个人对公有土地的处分机制，调动个人对公有土地的责任心和积极性，开通公有土地进入市场的枢纽和主渠道。这一过程逐步形成了中国特色的公共土地权力体系和公民的土地用益物权体系。
由于我国的工业化和城市化是政府推动型的工业化和城市化，政府对公共土地权力的掌握是政府发挥主导作用的基础杠杆之一。政府的这一角色在很长时间内还要保持下去。因此，在工业化和城市化过程中，政府对土地的公共权力与农民对集体土地的物权势必要产生冲突和摩擦。围绕农地非农化出现的土地规划权、征地权以及征地补偿等问题实质都是政府对土地的公共权力与农民对集体土地物权之间冲突的具体表现形式。