法律分析：1、一般按照第二次入职时间计算补偿金，二次入职后不能申请以前那几年的补偿。
2、二次入职也是重新办理入职，一般单位都是按照从新入职的日期开始计算相关的福利的，不可以再追回第一次入职的相关补偿的。
法律依据：《劳动合同法》 第四十七条 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。