因为整个社会发展速度较快，医院、学校等类似的事业单位，对于人力资源的需求也不断提升，但是，这类事业单位对于单位编制数量的调整还是相当滞后的，因此，就会以合同用工的模式来缓解单位人力资源的需求，那么，医院内部的编制职工和同工同酬的合同制员工差别在哪里呢？
首先，两者从经济待遇上来说，还是存在者一定的差距，这种差距会随着工作年限的增长而不断增大。一般来说，对于同一时间段进入医院的两个人，事业编制人员和合同制在刚开始的时候，工资收入之间差别并不是很大，最多是在年终奖金上有所区别，但是，医院仍然会通过一定的内部调节，从而缩小这种工资收入上的差距，但是，随着两者之间工作年限的增加，收入之间的差距就会越来越明显，而且差距会不断增大。
其次，产生这种差距的方式主要是因为医院的管理方式。医院职工的收入来源仍然是财政拨款，需要遵循国家相关的财政规章制度，在这样的大前提下，对于编制内的医院职工，其工资增长有着相关的规章制度可以参照，只要时间到了就会调整薪级工资，而且还能参加职称评定，获得任职资格以后，职称工资也会相应的提高，这样长时间积累下来，在编人员的工作总体都是呈现不断上升的态势。
而与之相对应的合同制员工，个人的工资收入水平参照的就是入职时候签订的合同，因此，会出现长时间工资收入不变的现象，即使医院想要提升合同制员工的收入，即使医院能够自己拿出经费来解决相应的资金，但是，这种情况在财政审核的过程中是不能通过的，因为，对于财政部门来说，没有政策依据的提升从业人员的工资，属于违规行为，自然不会被批准，因此，医院合同制员工和编制干部之间的收入总体而言，差距是有的，而且会越来越大。
再次，在职务晋升方面也存在着一定的限制。现在的医院属性仍然属于事业单位，医院内设机构的负责人，任命权限虽然在医院党委，但是，在任命以后仍然需要向组织部门备案，因此，作为医院的合同制员工，是不能担任医院中层职务的，合同制员工并没有纳入干部管理的范围之内，因此不能在组织部门备案，毕竟，医院作为事业单位，仍然要遵循干部管理的一些基本原则，而事业编制干部则不存在这些限制。
最后，在退休方面也有着一定的差距。一般来说，医院事业编制职工在退休以后，养老金的发放参照事业单位人员退休标准，每月拿到手的养老金和在职的时候差别不会很大，而对于合同制员工，在退休以后则按照企业职工对待，这个时候每个月的养老金收入，和自己在职时候缴纳的多少有着直接的关系，不过很少有能达到在职收入一半的水平，总的来说，对于事业单位而言，有编制和没编制差别是挺大的。