除了宗教、环境和人文因素，素食和肉食对人的健康也是不同的。食肉动物认为，素食者，尤其是纯素食者，容易缺乏各种营养，因为他们不吃任何与动物有关的食物。比如动物性食物中普遍存在优质蛋白质，植物中的大豆蛋白不易被人体吸收。素食者也容易缺铁，因为蔬菜类食物虽然含铁量不低，但吸收率很低，远不如肉类食物。另外，维生素B1 2大部分只存在于动物性食物中，素食者很难补充足够的维生素B1 2缺乏。一些研究甚至认为素食者容易患胆结石。素食者认为，素食者可以从素食中获得生活所需的所有营养。人类杂食动物是后天养成的，人在进化初期吃水果食物。
外国研究人员对267，180名男性和女性进行了平均6年的随访，在此期间有16，836名参与者死亡。当研究人员比较素食者和非素食者过早死亡的风险(同时控制一系列其他因素)时，他们没有发现任何统计差异。在英国进行的一项队列研究发现，素食者和非素食者死于各种原因的风险似乎相同。一些调查发现，素食者比肉食者寿命稍长，但这是因为素食者的整体健康素养较高。众所周知，蛋白质是人体最基本的成分，肉类富含优质蛋白质，是最适合身体的蛋白质。
适当补充肉类食品有助于维持生命活动的基本能量，降低患病风险。同时，肉类含有多种微量物质，尤其是铁、烟酸、维生素B等物质，是促进新陈代谢、维持健康的物质来源。如果长时间缺肉，很容易导致营养不良，对身体的免疫力有一定的影响。吃肉和吃素有什么区别？为什么60岁以上的人不推荐吃素？虽然肉类对健康有着重要的影响，但是过量食用肉类对健康并没有好处，因为肉类中含有较多的脂肪和热量，容易增加肠胃的消化负担，容易导致肥胖，而这些不良反应又容易引起身体不适，增加患高血脂等慢性病的风险。更重要的是，世卫组织将红肉列为2A类致癌物，这在一定程度上表明，长期食用牛肉、羊肉和猪肉也是致癌的，因此人们应该更加重视。
长期素食对身体的影响蔬菜和水果是常见的素食者，但这些素食者的脂肪和热量普遍较低，不容易增加体脂含量。同时，这些食物中含有的膳食纤维可以促进胃对食物营养的吸收和消化，在一定程度上降低胃肠道疾病的风险。更重要的是，蔬菜和水果含有多种维生素，其中VC、VE等维生素具有抗氧化作用。长期食用这类食物可以延缓细胞衰老，保持身体年轻。人体成分和肠道菌群已经适应水果食品。在屠宰动物的过程中，由于恐惧，会刺激细胞发生化学反应，产生毒素。动物死亡后产生的毒素称为“尸毒”，食用后容易致癌。素食者也引用生活实例证明素食者比肉食者长寿。