溃疡性结肠炎特点在于溃疡形成，但在慢性病程发展中，结肠黏膜只有炎症性改变，而不形成肉眼上可见的溃疡病变，或溃疡愈合只遗留下肉眼上的炎症性病变。不论其有无溃疡，主要病变均累及集中在黏膜层，少数达黏膜下层，更少的严重病例，炎症可累及肌层甚至浆膜层。病变分布主要在直- 乙状结肠，累及直- 乙状结肠的病例，据统计可达98%。
（1）肉眼所见
①炎症活动期。黏膜皱襞消失，呈剥脱状，黏膜充血、水肿，黏膜脆性增加易出血，黏膜炎性渗出物增多，血管走向不清，黏膜附有白色透明或黄色黏液，严重者，呈脓性状黏液，黏膜腐烂或有大小不等的多形性浅溃疡形成。溃疡之间黏膜可因水肿、炎症形成假息肉。
②炎症缓解静止期。黏膜苍白、粗糙有颗粒感，肠壁增厚，肠腔狭窄或缩短，有的因炎性增生，腺体增殖，而形成息肉改变。本病由于反复发作或呈慢性持续性病程，故活动和静止期病变可同时或反复交替出现。
（2）组织病理
本病呈无组织学特异性病理，却一致认为有其特征。基本病理改变为：腺体排列紊乱，基底膜断裂或消失；各种炎症性细胞浸润；隐窝脓肿形成；黏膜下水肿及纤维化；再生和修复。由于病期不同，组织病理所见也不一样。
①活动期病理组织所见。重度中性粒细胞浸润，淋巴细胞、浆细胞较多。腺上皮间中性炎细胞浸润，杯状细胞减少。隐窝炎症或脓肿形成。其他固有膜血管炎症。
②静止期病理组织观察。肠腺细胞排列不规则，隐窝数减少，既有瘢痕组织又有基底膜增厚。杯状细胞增多。黏膜下层纤维化加重，可见淋巴管扩张。固有膜层白细胞浸润明显或大淋巴滤泡出现。此外，有人认为腺体萎缩或变形，对静止期患者更具有诊断意义。