1、南明政权不稳定
永嘉之乱，衣冠南渡后，门阀士族拥立司马睿为帝，东晋建立。在东晋建立之初，南方士族被北方门阀排挤，出现了暂时的不稳定局面，王导劝说司马睿主动结交顾荣、贺循两人，并大力任命南方士人，将南方士人纳入了东晋的朝堂中来。同时，司马睿、王导二人励精图治，最终稳定了东晋的政治局面。
北宋灭亡后，几乎全部皇族都被金国俘虏，只有一个康王赵构侥幸逃出，在河南商丘建立南宋政权。此时，南宋政权内部虽然有主和派与主战派的斗争，但赵构的皇权是十分稳固的，百姓也十分支持，加之长江天险，所以南宋能够坚持下来。
而明朝灭亡之后，南明弘光政权却陷入了无止境的内斗之中，根本考虑如何对抗清军。在满清入关之初，虽然占领了许多地盘，但实际控制力不足，比如河南山东两地，有大量起义的地方武装，弘光政权也根本不支持这些地方武装。后来到了永历时期，局面稍有好转，却出现了三王内乱，可以说，南明自始至终都称不上一个统一的政权，而是一个又一个军阀的遮羞布而已。
2、以吴三桂为首的大汉奸卖国。
满清入关后，兵力其实也不太多，并没有统一全国的军事实力。但正是吴三桂这些卖国将领，为求在新朝的富贵，向自己的同胞举起屠刀，一路从东北打到西南，贯穿整个中国，最终灭掉了南明最后一个永历政权，吴三桂本人甚至亲手杀死了永历帝。可笑的是，在吴三桂杀死永历帝后，等待他的不是荣华富贵，而是削藩，最后被逼造反，病死塌上，只能说活该。
原因是南明政权不像东晋和南宋一样，南明集团本身就是一个诸侯建立的帝国，而且可以说是一个军阀。百姓们根本不支持他们，他们统治阶层出现了许多的问题，先后有三王乱政，又出现了朝臣的不团结。作为南明的利益的福王，完全得不到其他人的认可，在许多势力的压迫下，福王没有办法统一南明的兵权。在内忧外患下，南明没有办法延续寿命。相反，在东晋和南宋南渡后，赵构和司马睿的皇权统治十分的顽固，天下的百姓和士族十分支持他们，于是他们延续了百余年。对于南明来说，是没有办法的。
在崇祯帝驾崩后，中原地区陷入动乱，先后有许多大臣投降于后金，之后有吴三桂把山海关轻松送于敌手。南明集团以福王为首，建立了一个南方的小朝廷。但是内部出现了许多问题，福王没有办法统一兵权，随后发生了许多矛盾，百姓们也不支持南明，在苛捐杂税下，百姓们无法完成朝廷的赋税，并且没有粮食温饱。在没有百姓支持下的朝廷是不可能被承认的。
虽然天下人眼里，都以大明为整正朔，但由于统治阶层的腐败，百姓无力负担。于是南明政权只是一个割据势力而已，对于南宋和东晋来说，根本不是一个档次。在永嘉之乱后，士族们衣冠南渡后，在南方支持司马睿为正朔，建立了东晋王朝。在百姓们和士族们的支持下，司马睿恢复了朝廷。
在北宋灭亡后，赵氏皇族几乎被金国屠戮完，康王赵构摆脱了金国的追杀，在河南商丘建立了南宋朝廷，这时候军民是上下一心，一度希望朝廷北伐收回自己的故乡。所以这时候赵构的政权是十分稳定的。对于南明来说，局限性有点小，它没有统一的集团，这也是南明失败的地方。
南明与东晋、南宋的情形相似，都是因为遭遇异族入侵，北方疆域沦陷而跑到江南建立政权，国家一分为二。但是也有些不同，这样的差异导致东晋与南宋能延续百余年国祚，而南明却扛不住呢。原因由很多，主要是其下几个方面导致。
原因一：南明的帝位之争不断，始终没有建立较为有效的中央政权。北京失陷、崇祯帝自缢之后，皇子们下落不明。政权不能够得到拥护。而反观东晋与南宋，晋元帝司马睿与宋高宗赵构的地位都比较稳固，并没有受到强而有力的挑战。
原因二：明朝的党争，促使了南明政权的分裂。南明的最为关键时期是定都于南京的福王政权，而南京一带的江南地区，是东林党的势力中心。可是，而东林党与福王系却素有仇怨。万历帝很疼爱郑贵妃生的儿子朱常洵（福王），想废长立幼、立朱常洵为太子，遭到了东林党的极力反对而最终未果。东林党却主张“立贤”，想拥立潞王朱常淓（万历帝之侄）为帝。
原因三，吴三桂、孔有德、尚可喜、耿仲明及李成栋等带路党的“功绩”。满清之所以平定江南，还是仰赖吴三桂、耿、尚、孔及李成栋等带路党的“功绩”。东晋与南宋时期，虽也有汉人为异族效力，但并没有明末之际那么大的规模。
原因四，随着历史的演变，抵抗异族的意志也越来越弱。东晋时期是华夏民族第一次遭到异族的侵凌。所以，东晋虽弱，但华夏民族不甘受他族侵凌、奴役的意愿也最为强烈。南宋时期是华夏民族遭受第二次异族侵凌，其反抗过程历经一百五十年，而最终灭亡于蒙元政权。而经一百年蒙元统治，汉族抵抗异族的心理与意志也变得虚弱，故南明也只存在了四十年。
以上都是一些个人看法，希望能帮助大家啦。
为什么南明不能像东晋和南宋降能够稳定的延续上百年，主要是以下几个原因。第一当时南明的政局一直是处于不稳定的状态，它的架构一直是不稳定的。虽然说南明的官员配置都有了，但是它的政权一直不得到认可，因为当时的崇祯皇帝殉国了，但是那些皇子们却下落不明，也就是说一天他们没有找到这些皇子的下落，那么南明的政权就不可能得到下面的人认可，也得不到老百姓的支持。
以至于后面南明的局势发展到，是各自为政的地步。都想自立为王，在南明的地域中中出现了几股想要称霸称帝的势力相互争斗。以至于统治者的地位一直遭受了挑战，而南宋和东晋就不同从领导者登上帝位来说所遭遇到的冲击和挑战不是太多的，即使是有也很快被平定了。而且他们的皇位是名正言顺的，以至于他们的统治是受到当时的一致认可。
人心稳定了自然国家就稳定。第二历史的问题，因为随着时尚的变迁这种强烈的抵抗精神和意志也越来越薄弱。在东晋时期是第1次遭受到其他异族入侵，即使是当时东晋的国力并不是很强大，但是下面的老百姓不甘忍受别人的欺凌，所以他们的反抗意志是很强烈的。
而南宋是第2次的遭受了外族入侵，虽然说反抗的意思已经没有第1次那么强烈但是他反抗的过程仍然经历了100多年。而到了南明时期，这些汉族的人对于异族的入侵的意志已经变得比较薄弱了，更多的是顺从和顺服，老百姓都没有了这种抵抗的想法，所以才使得南明皇朝只存在了40年。