以前回答过类似问题。
真要全面对比的话，原因很多，但如果仅就南明而言，更多的则是自己作死，死的不冤。
首先，南明诸帝继位都缺乏合法性。
南明一共四帝加一个监国（鲁王），没有一个具备合法的继位资格。
当崇祯帝在煤山上吊之后，李自成和清军混战，并迅速败退回陕西，然后退向荆襄，被人杀死在九宫山。
如果明想要继续抵抗的话，就需要完成内部整合。整合首先需要一个有一个合法性得到认可的皇帝，可惜，南明没有。
相比较，东晋司马睿继位，是得到了广泛认同的。
当西晋陷入八王之乱，晋怀帝、晋愍帝颠沛流离之时，先后任命司马睿为左丞相、丞相、大都督中外诸军事等，实际上已经交代了后事。
当晋愍帝为刘聪所杀，更是命平东将军宋哲（ 非宋喆）入建康，赐以遗诏：
“遭运迍否，皇纲不振。朕以寡德，奉承洪绪，不能祈天永命，绍隆中兴，至使凶胡敢帅犬羊，逼迫京辇。朕今幽塞穷城，忧虑万端，恐一旦崩溃。卿指诏丞相，具宣朕意，使摄万机，时据旧都，修复陵庙，以雪大耻。”也就是说，虽然司马睿仅是晋武帝司马炎的侄子，本来没有继承帝位的资格。但当晋愍帝遗诏辗转抵达南京之后，这个障碍也就排除了。前任皇帝遗命司马睿继位，这个正统性就彻底没有问题了。
相应的，南宋完颜构的继位正统性也没问题。
作为宋徽宗唯一没被金兵所擒，又活在世上唯一的亲儿子，而且又得到了李纲、赵鼎等大臣的鼎力支持，他这个皇位正统性也无可置疑。
但南明的四帝一监国，福王朱由崧为崇祯堂弟，唐王朱聿键也就是所谓的隆武帝，为明太祖朱元璋第二十三子唐王朱桱的八世孙，跟崇祯帝的关系更加疏远，只是远支宗室而已。
所谓的绍武帝朱聿鐭则是隆武帝的弟弟，跟崇祯的关系同样远得很。
桂王朱由榔，永历帝也只是崇祯的堂弟。
其实谁称帝都没关系，只要能得到正统的认可。当时最能得到认可的就是崇祯帝的遗诏，就像晋愍帝对晋元帝司马睿那样。
但可惜的是，当李自成步步紧逼的时候，崇祯帝不仅没有听从大臣的建议，迁都南京；对于李邦华等复请太子抚军南京，也就是让太子到南京以备万一的安排，为了所谓的君王死社稷而放弃。放弃就放弃吧，也没有留下任何遗诏指定继位人。
这样处置的结果就是南明诸王、诸大臣为了帝位打成一团，甚至绍武帝和永历帝还互相征伐。攘外必先安内，国破家亡之际，南明内部还在大打出手，局面不崩坏才奇怪了。
其次，党争、内斗贯穿始终
南明这个小朝廷奇葩的地方在于，它很好的继承了明朝党争的传统。普通人都知道，面临大变，精诚团结，一致对外才是正确的应对方式。
但南明从不。
与天斗与地斗，其乐无穷。
而且南明朝廷还不干正事。
如果我是南明小朝廷的话，其实算不上小朝廷，南明还有大部江山，我当这个皇帝，首先甄选人才，其次整顿财政、军政，做好防卫部署，抢占险关要隘军事重地，防备随时可能南下的清兵和大顺的溃兵。
当然，出兵方向也就是兵略必须确定，比如与清兵、与大顺大西的关系，是联清灭逆还是联合反逆抗清，这种重大战略必须确定下来。
但南明小朝廷一概不论。
朱由崧在南京继位之后，首先干了这么几件大事：
铸国玺。没玉的，用金的代替。当然了，比刻个萝卜的好得多
上谥号
改葬梓宫
迎养国母
访求东宫、二王
祭告陵寝
诏选宫女及内员，廷臣交章谏，不听
选将、治军、据形式、重藩屏、慎爵赏、明赏罚，一样不做。选宫女那是热火朝天。
而众所周知，明亡因素很多，当厂卫之祸首当其冲。御史祁彪上书请革诏狱、缉事、廷杖这三大让人毛骨悚然的弊政，但弘光帝全然不听，并立刻起用冯可宗领锦衣卫。
这还不算。
东林党与阉党、吴党与楚党、原明军将领和李自成余部、北廷也就是北京来的官员和南京留守诸官员之间斗得热火朝天。
首先为了立福王朱由崧还是璐王朱常淓，马士英、史可法、东林党、军头之间先干了一仗，在史可法的退让和马士英的军队支持下，暂时取得妥协。
翻案风高炽。阉党翻东林党旧账，东林党翻阉党旧账。
至于整军备战，内修国政，哪有那时间。福王做了天子，是来享福的，美女都看不过来，哪有时间来管什么清军的破事。
如此朝廷，能够长久才怪。所以弘光的小朝廷也就仅仅一年，钱谦益就大开城门降了清军。
如此套路一个接一个。后来的绍武帝和永历帝一个在广州继位，另一个继位于广西桂林，两者为了挣正统，直接开打。一个攻肇庆，一个攻广西，让清兵趁虚而入。
大敌当前，内斗不止，局面如何能不崩坏。
你听说过东晋因为党争而彼此攻杀翻案成风的场景吗？没有。
东晋的局面和南明最大的不同在于，皇权并不代表一切。东晋建立之初，有“王与马共天下”的说法。所谓王与马共天下，即当时东晋朝廷是由司马氏和琅琊王氏共同主导的，当时琅琊王氏兄弟王导在内，进位侍中、司空、假节、录尚书事，把持朝政；其堂兄王敦在外，任大将军、江州牧，封汉安侯，虎踞荆襄，威胁建康，后造反兵败气死。但即使王敦造反，被剖棺戮尸，王导的地位也丝毫不受影响。
除了琅琊王氏以外，陈郡谢氏、陈郡袁氏、兰陵萧氏与东吴原有江东士族顾姓、陆姓、朱姓、张姓等吴四姓都是东吴门阀的重要组成部分。
大家可能觉得东晋门阀对朝政的威胁可能会更大，因为各大门阀自成一体，争权夺利在所难免。但是在魏晋士族共治的情况下，这种门阀政治恰恰是非常稳定的。皇权与士族共享政权，其实大家都很明白彼此的边界，出则入仕，入则主家维护家族的利益。而且最重要的是，士族之间是维持了一种动态平衡的，有任何一家试图挑战皇权的话，其他门阀必然起兵联合将之绞杀。当王敦、苏俊、桓温、桓玄等都试图挑战皇权的时候，本来矛盾重重的士族就会联合起来一致对外。
这种士族之间互相平衡牵制的局面，使得东晋维持了一种奇怪的平衡，这也是东晋能延续百年的关键。
而南宋与东晋、南明都不同，其政治制度相对特殊。南宋的相权是最大的。
所以有史以来，南宋的权相是最多的，比如秦桧、赵鼎、史弥远、韩侘宙、贾似道等，一茬接一茬。
权相在皇帝怠政期间起到了维护政权稳定和朝政运行的作用。但由于相权缺乏统治基础，士人缺乏政治向心力，这导致南宋虽然权相频出，但南宋的政局却一直相对稳定。
虽然南宋权相很多被后世目为奸臣，但从秦桧起，大部继承自北宋的政治制度运行还是颇为平稳的。
这种平稳的局面也保证了南宋的经济发展非常好，而且也维持了很好的战斗力。这与南明相比，简直是天壤之别。
再次，南明军队内部山头林立，互相攻杀是常态，各自为政
南明内部的军队来源比较复杂，既有明军余部，也有收集南来的流民所建军队，同时不少是原李自成、张献忠余部，还有先降清后反正的原来明军如李成栋等。
但这本来不是问题。乱世军队的来源从来都不是简单的。不过能够乱成这样，互相攻杀，彼此征伐，也是奇葩了。
由于南明的皇帝都缺少正统性，所以先后所立的四个皇帝和监国鲁王，都是军头所立。把持皇帝，“挟天子以令诸侯”就成了掌权者的首要诉求。于此，没有在拥立之中占得先手的军头或者择机另立新军，或者干脆武力夺权。比如驻守武昌的左良玉，于顺治二年（1645年）三月二十三日从武昌起兵，以清君侧为名，大举东下进攻南京。不去抵抗大顺军，不去抵抗清军，内部先打起来了。随后左良玉去世，其子领数十万大军降清。
要知道，此时明军总数其实比清军还多，就在一次次的内耗中消失殆尽。
至于所谓的江北四镇黄得功、刘泽清与原李自成余部高杰等的互相攻杀，则更是让人无语。而高杰这个闯王余部，由于军纪败坏，被扬州市民拒绝，无法进城的时候，高杰更是试图攻城，后来当高杰降清再攻扬州的时候，他屠了扬州全城。所谓的扬州十日，当时清军主帅是多铎，但扬州的统帅、屠戮者却是汉人，高杰。历史的真相是不是很残酷。
就是一些这样的王八蛋在守卫南明，南明又如何能够长久？
相对来说，虽然南宋也收容了不少义军，但南宋抗金的主力，却基本上都是以原来北宋最精锐的西军为主体的。比如所谓的中兴四将刘光世、张俊、韩世忠、岳飞，有三人都出自西军。这使得南宋军力重整相对比较容易。
同时，由于宋高宗赵构的正统性得到了一致的认可，所以包括中兴四将在内，吴阶、吴麟兄弟、刘琦等南宋将领都对南宋朝廷军令无条件服从，虽然偶有冲突，但一直可控。这也使得南宋军力没有得到太大的损耗，保持了较强的战斗力。
所以，就军队而言，南宋军队的战斗力远远强于南明，主要的原因是南明军队从来没有形成过一个有效的整体。
郑芝龙等先后降清，孙可望、李定国等互相攻杀，这样的局面从来就没停止过。
而东晋军队虽然没有南宋这样能够形成一个整体，但东晋军队的战斗力却一直都不容小觑。
为什么呢？
我们前面说过，东晋是门阀与皇权共治的。所以东晋军队也分为两大部分，一是各大世族的私兵，二是东晋朝廷的中央军，最有影响力的当然是后世声名显赫的北府军了。北府军成就了谢安谢玄兄弟的赫赫威名，也为它自己挖掘了坟墓。最终夺走东晋皇权的就是北府军将领刘裕。
政治、军队、财政都一塌糊涂，南明如何能够长久？而在这些方面，东晋、南宋处理得都相当好，那么，东晋、南宋延续百年国运也就很好理解了。