发酵工程，作为轻工技术与工程学科的重要分支和重点发展领域，其核心作用在于生物技术产业化的进程中扮演关键角色。主要关注工业生产中的“工业发酵”过程，即通过特定工艺（发酵工艺）来加工或制造产品。为了实现大规模工业化生产，发酵工程着重解决发酵工艺在工业环境、设备和过程控制中的工程学问题。该学科将发酵工业过程分为菌种选育、发酵过程和提炼（含废水处理）三个阶段，每个阶段都蕴含独特的工程挑战。
微生物是发酵工程的灵魂，随着科学认识的深化，发酵工程逐渐从生物学视角走向科学前沿。其基本原理是基于生物和酶的某些功能，通过工程技术手段生产生物产品或控制工业生产过程。例如，酵母菌发酵啤酒、乳酸菌制作奶酪等应用广泛。现代发酵工程已超越传统，进入基因工程改造菌种、生产药品（如胰岛素和干扰素）的高级阶段，成为涵盖微生物学、化学工程、基因工程等多个学科的综合工程。
发酵工程的广义构成包括上游工程（选育优良菌株、确定发酵条件）、中游工程（无菌发酵工艺技术，如无菌处理、空气过滤、计算机控制等）、下游工程（产品分离和纯化技术），如固液分离、细胞破壁、蛋白质纯化等。在药物和食品生产中，必须遵循严格的cGMPs规定，并接受监管机构的检查。
从实验室小规模发酵到大规模工业生产，发酵工程工艺放大问题的解决是整个过程中的关键技术挑战。总的来说，发酵工程是一个多学科交叉、技术密集且具有广泛应用前景的领域。
发酵工程，是指采用现代工程技术手段，利用微生物的某些特定功能，为人类生产有用的产品，或直接把微生物应用于工业生产过程的一种新技术。发酵工程的内容包括菌种的选育、培养基的配制、灭菌、扩大培养和接种、发酵过程和产品的分离提纯等方面。