在省行政区域内的农民工在遭遇事故伤害或职业病后，如用人单位的生产经营地与注册地不同统筹地区，应在注册地设区市的劳动保障行政部门进行工伤认定和劳动能力鉴定。受委托，生产经营地的劳动保障部门也可受理，但工伤保险待遇按照注册地的规定执行。
对于在省行政区域内从事生产经营活动但工商登记注册在外省的用人单位，应在工商登记地参加工伤保险，并提供注册地劳动保障部门的参保证明。农民工的工伤认定和鉴定应向注册地申请，而雇主未参保的则需在生产经营地参保，并由当地按照规定支付待遇。如未参保，雇主需依法支付。
对于1-4级的工伤农民工，《意见》特别规定，他们可以选择一次性领取长期待遇，如伤残津贴、生活护理费和医疗费，具体数额如16-25岁一级伤残的可领15万元。对于因工死亡的，其符合条件的供养亲属可选择一次性领取抚恤金，标准为配偶5万元，子女3万元，总数不超过10万元，领取后将终止与雇主和社会保险的关系。
农民工的工伤保险基金由雇主缴费，个人不需承担，缴费基数和费率遵循《关于工伤保险费率问题的通知》。受伤或患病的农民工享有与在职职工同等的工伤医疗和保险待遇。
针对农民工工伤保险制度存在的问题，有关部门给出农民工工伤保险制度的发展策略，对于这些发展策略的采用将会快速的使农民工工伤保险制度得到完善。农民工工伤保险虽然已收到国家的重视，但仍然存在很多问题，这也和我国国情以及农民工这一群体的特殊性有很大关系。