劳动者上班有打卡记录，下班忘打卡被公司当做旷工一天扣了两天的工资是违法的。
一、扣除日工资三倍是否合理合法决定于公司的规章制度，而这类涉及劳动者切身利益的规章制度是否合法决定于：
1.是否经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定；
2.是否公示，或者告知劳动者。
二、如果这类规章制度不合法，用人单位扣除日工资三倍就不合法，你可以申请劳动仲裁或向当地劳动行政监察部门投诉。
而下班忘打卡被公司当做旷工一天扣了两天的工资这种做法，用人单位的行为属于一种无故克扣工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉举报，要求用人单位支付其被克扣的工资。
用人单位克扣或者拖欠劳动者工资的，劳动者可以向劳动保障监察大队投诉该单位。
劳动者去劳动监察大队投诉时携带：本人身份证、用人单位全称、负责人姓名及联系电话、能证明劳动者在用人单位上班的相关证据，由劳动保障监察大队下达限期改正，逾期不改正的，劳动保障监察大队可以下达行政处罚处理决定；逾期未执行的，申请法院强制执行。同时逾期不改正的，劳动者可以主张用人单位支付你拖欠工资数额50%-100%的赔偿金（劳动保障监察条例第26条）。
《劳动法》第五十条规定：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《劳动合同法》第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
《工资支付暂行规定》第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
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