首先要看你是按计时和计件发放人工工资的，合同工期延误导致工人工资亏本，要想解决工资的问题，你必须做好几方面的工作
1、工人实际发生的工资记录或考勤及工资发放情况
2、造成工期延误的原因，是在甲方还是你自己方面，工期延误的具体原因及实际情况的依据，比如因材料耽误了进度引起的工人窝工，你方必须支付给工人的基本费用是多少，延误如是甲方造成可根据情况索赔。
3、如果是施工中因工人技术水平，施工质量达不到验收标准而造成的返工所延误的工期和花费的人工就是你们自己的责任了。你也要相应的扣除该不合格项目施工人员的工资。
4、其他如图纸变更、致使施工内容发生变化也要计算变更多增加的费用。
5、增项增加了工程量，项目部指派的临时用工也要同项目部计算。
6、延期付款导致工人误工
追问我的意思是，建设单位对施工方，民工工资专户那块的支付。这个在建委备案是算合同工期来支付的，现在的情况是工期超了。
追答如果这样是不是该和建设方协商的，或者咨询当地主管部门进行申请变更。不过既然合同约定了，除非得到建设方的同意，很难有什么变化。
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