主要是方法不同吧
酶谱法的基本过程是先将样品进行SDS-聚丙烯酰胺（SDS-PAGE，含0.1％明胶）电泳分离，然后在有二价金属离子存在的缓冲系统中使样品中的 MMP-2（
基质金属蛋白酶-2）和MMP-9 恢复活性，在各自的迁移位置水解凝胶里的明胶，最后用
考马斯亮蓝将凝胶染色，再脱色，在蓝色背景下可出现白色条带，条带的强弱与MMP-2 和MMP-9 活性成正比。 复性原理：在电泳过程中，SDS 与样品中的MMPs 结合（当然是可逆性结合），破坏其氢键、疏水键而使MMPs 不能发挥其分解明胶的作用，而只有当将胶置 Trition 中洗脱（最好是放在摇床上摇，30min／次，做2 次或15min/次，4 次。
而western blot采用的是
聚丙烯酰胺凝胶电泳，被检测物是蛋白质，“
探针”是抗体，“显色”用标记的二抗。经过PAGE分离的蛋白质样品，转移到固相载体（例如硝酸纤维素膜NC膜）上，固相载体以非共价键形式吸附蛋白质，且能保持电泳分离的多肽类型及其生物学活性不变。以固相载体上的蛋白质或多肽作为抗原，与对应的抗体起
免疫反应，再与酶或同位素标记的第二抗体起反应，经过底物显色或放射自显影以检测电泳分离的
特异性目的基因表达的蛋白成分。该技术也广泛应用于检测蛋白水平的表达。