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转录组测序应用
第二代DNA
测序
技术的操作流程
答:
1)测序文库的构建(Library Construction)首先准备基因组(虽然测序公司要求样品量要达到200ng,但是Gnome Analyzer系统所需的样品量可低至100ng,能
应用
在很多样品有限的实验中),然后将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段,并在两头加上特定的接头(Adaptor)。如果是
转录组测序
,则文库的构建要相对...
单细胞
测序
样本制备系列经验分享— 脑组织抽核篇
答:
利用10xGenomics平台进行单细胞测序时,大部分研究者会首选新鲜离体的样本消化成单细胞悬液,但这种方式并非对所有组织都适用(见表一),因此需要选择另外一种方式:组织抽核,即从组织中直接将细胞核提取出来,制备成单细胞核悬液进行单细胞核
转录组测序
。表一不推荐单细胞悬液制备的组织及原因 两种样本...
提取的c级rna,od 260/280的比值均大于2,做
转录组测序
时有影响吗
答:
提取RNA测浓度时A260/A280大于3的原因可能是降解。一般对于DNA,纯净的时候比值是1.8,而对于RNA则是接近2.0。如果超过这个值,那么最有可能的就是核酸降解了。同时发现未知转录本和稀有转录本,精确地识别可变剪切位点以及编码序列单核苷酸多态性,提供最全面的转录组信息。
转录组测序
技术流程主要包括样品...
基因检测的二代
测序
是什么?
答:
另外还有基于胎儿游离DNA的NIPT也是二代测序在转化医学中非常经典的应用例子。随着技术的成熟,二代测序也开始应用于肿瘤游离DNA的检测,HLA的分型,病原体检测,
转录组测序
,以及甲基化测序。但是这些领域的应用,特别是对ctDNA的二代
测序应用
于肿瘤早筛,学界仍存在担忧,作者主要是提出两点:1.在正常人...
为什么人类的rna
测序
结果映射到小鼠基因组
答:
基因表达谱测序是直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序,可以用来研究基因的表达差异情况。该技术结合了
转录组测序
建库的实验方法,与转录组测序相比,基因表达谱测序要求的读长更短,测序通量更小,但仅可用于基因表达差异的研究。 转录组测序是RNA水平测序,相当于DNA水平...
外显子捕获测序和
转录组测序
分析有什么不同
答:
答:外显子捕获测序和
转录组测序
都是针对基因组上转录区域进行测序,但是外显子捕获测序针对已有基因组信息的物种,而转录组分析既能针对已有基因组信息的物种,也能针对没有基因组信息的新物种,因此,两者的分析存在一定的差异:(1)分析的目标区域有所不同。外显子捕获测序只针对基因组上已知的编码区...
单个基因敲除后做
转录组
意义大吗
答:
单个基因敲除后做
转录组
还是有一定意义的。基因敲除是用含有一定已知序列的DNA片段与受体细胞基因组中序列相同或相近的基因发生同源重组,整合至受体细胞基因组中并得到表达的一种外源DNA导入技术。它是针对某个序列已知但功能未知的序列,改变生物的遗传基因,令特定的基因功能丧失作用,从而使部分功能被屏蔽,...
转录组
数据定量归一化
答:
下表列举了不同组学数据分析的归一化方法:早期,RNA-seq
测序
为单端测序,一般使用最为经典的RPKM(Reads Per Kilobase Million)进行数据归一化,俨然
转录组
归一化界的老大哥,不仅在转录组领域占有一席之地,而且在表观数据归一化方面也有较为广泛的
应用
;而当前FPKM作为最常用的双端数据归一化方法走向了...
适合
转录组
学的
测序
平台中测序读长最长的是哪一个?
答:
三代测序技术。2005年以来,
转录组测序
和研究的主流是基于NGS,即所谓的二代测序技术,虽然二代测序技术极大地提高了测序通量,且能够发现novel的转录本,但是由于其先天的缺陷,测序读长只能达到几百个碱基。
二代
测序
的原理是什么?
答:
另外还有基于胎儿游离DNA的NIPT也是二代测序在转化医学中非常经典的应用例子。随着技术的成熟,二代测序也开始应用于肿瘤游离DNA的检测,HLA的分型,病原体检测,
转录组测序
,以及甲基化测序。但是这些领域的应用,特别是对ctDNA的二代
测序应用
于肿瘤早筛,学界仍存在担忧,作者主要是提出两点:1.在正常人...
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