随着国际贸易的发展及其对植物检疫的要求，植物检疫中有害生物的涵义进一步拓展。1997年修订IPPC时，有专家提出限定的有害生物（regulatedpest）概念，并区分为2类：基于植物检疫风险评估和适当的植物保护水平的评定、具有潜在经济重要性的有害生物；为保护植物健康而限定的非检疫性有害生物。这样，植物检疫针对的范围及其内涵进一步扩大。亦拓宽了所采取的植物检疫措施，不仅针对检疫性有害生物，而且针对限定的非检疫性有害生物。同时，实施卫生与植物卫生措施协定（简称《SPS协定》）和国际植物卫生措施标准（ISPM）都强调有不少有害生物不仅具有潜在的经济重要性，而且具有潜在的环境重要性。因此。在PRA的开始阶段，即限定性有害生物的鉴别阶段，还应考虑有害生物对环境的影响。
从植物和植物产品上，常可检查到多种多样的生物，其中大多数是腐生性的，不少是有害生物，如青霉菌、曲霉菌、镰刀菌、交链孢等。它们有的广泛存在，普遍分布，在进口国对此也未采取官方控制措施，属于非限定的有害生物（non-regulatedpest）；少数为险性很大，有的虽有分布，但官方已采取控制措施，属于控制范围的有害生物，称为限定性有害生物。其中，又可区分为检疫性有害生物（quamntmepest）和限定的非检疫性有害生物（regulatednon-quarantinepest）两种。
按IPPC出版的《植物检疫术语》，检疫性有害生物（quarantinepest）是指“一个受威胁国家目前尚未分布，或虽有分布但分布未广，且正在被官方控制的、对该国具有潜在经济重要性的有害生物”；IPPC将“限定的非检疫性有害生物（regulatednon-quarantinepest）”定义为'“一种在供种植的植物上存在，为及这些植物的原定用途而产生无法接受的经济影响，因而在输入国和地区要受到限制的非检疫性有害生物”。为正确应用限定的非检疫性有害生物的概念，IPPC颁布了《限定的非检疫性有害生物：概念与应用》（IS-PM16）。这个国际植物检疫措施标准描述了限定的非检疫性有害生物的含义，明确了限定的非检疫性有害生物的特性，介绍了这一概念在实践中的应用及在限制体系中应注意的情形。正确理解限定的非检疫性有害生物，需要对“预定的用途”及“不可接受的经济影响”这两个关键词有深刻的认识。按照目前比较一致的认识，“预定的用途”主要包括种植用来直接生产商品（如水果、切花、木材等）、保持被种植状态（盆栽植物等）、增加相同的种植用植物的数量（如块根、块茎、种子等）等数类。非检疫性有害生物的“经济影响”受有害生物种类、商品种类及预定用途的差异而不同。一般可从减产、品质下降、防治有害生物的额外费用、采收及分级过程的额外支出、由于植物生命力丧失或抗性变化等需再种植的开支或种植替代植物而带来的损失等因素来加以考察。在特殊情形下，有害生物对生产地点的其他寄主植物的影响也可加以考虑。过去在制定检疫性病虫草名单时，主要根据以下三条标准来确定，即国内尚未分布或分布未广，危害性大，且防治管理工作很难或难于控制。随着限定的非检疫性有害生物概念的提出及PRA工作的深入，中国政府已开始考虑限定的非检疫性有害生物目录，并修订1996年颁布的“进境植物检疫为险性病、虫、杂草目录”。在对限定的有害生物名单进行有害生物风险分析时，首先，表明要对造成严重经济损失的非检疫性有害生物采取检疫措施的范围，限制在对用于种植的植物造成不可接受的严重经济损失、影响了原定用途的有害生物；第二，是必须经过风险分析提供科学依据，才能对限定的非检疫性有害生物加以确定。除考虑是否有分布及其经济重要性外，也充分考虑环境因子等因素，使制定的限制性有害生物名录具有更坚实的科学依据，更符合国际规范。