恭亲王能够除掉顾命八大臣，恭亲王之所以不铲除慈禧，有两个原因，首先，他不需要这么做，因为慈禧曾经和他是合作伙伴关系，他们互利共赢。其次，他没有把握能够做到铲除对方，没有实权。
以上就是恭亲王铲除了顾命八大臣，但是却没有铲除慈禧的原因。
恭亲王能够铲除八大顾命大臣，是八大顾命大臣咎由自取，恭亲王顺水推舟和慈禧一起除之。 恭亲不铲除慈禧，是因为没这实力，也没这必要。
除掉顾命八大臣是顺势而为：
肃顺为首的顾命大臣过于张扬跋扈，得罪了很多领导身边的人，比如皇帝的枕边人。咸丰帝去承德避暑山庄是逃难时，肃顺等人只保证皇帝的饮食供应，对于其他人则不管不顾，让皇后和贵妃都饭都吃不饱，而他自己那一帮人却天天花天酒地的，这怎能不引起众怒？
肃顺对满人的歧视和鄙视也让他们树敌无数。他排斥满人贵族，不独善其身而独揽大权，这不得不让皇室忌惮。肃顺为首的顾命大臣的行为作风让包括其他亲王在内的满人贵族对之都非常不满。
《越缦堂日记》中描绘了这一段这样的场景：
纠党忿争，声振殿陛。天子惊怖，至于蹄泣，遗溺后衣。
顾命八大臣揽权咄咄逼人，大声与两宫太后争执，小皇帝惊恐万分以至于吓得尿裤子了。
除了朝堂皇室中人，底层的普通满人也对肃顺为首的顾命八大臣恨之入骨。因为八旗的铁杆庄稼是无数八旗兵的生存基础，活命用的，但是肃顺上台后竟然断了八旗兵的铁杆庄稼，怎能不恨之？
肃顺为首的顾命大臣在满人中可以说是已经成为人人喊打的过街老鼠。对于恭亲王来说，与两宫太后合作除掉顾命八大臣是顺势而为，也几乎是稳赢的。
铲除慈禧？没这实力，也没这必要：
恭亲王没有铲除慈禧太后的野心，也没这实力和必要。
慈禧有成熟的政治智慧，很很受宗室的拥护，是不可能轻易铲除的，最起码恭亲王当时是没有这个实力的。《清史稿》这样评价两位太后刚垂帘听政的事迹：
令中外臣工于时事阙失，直言无隐；用御史锺佩贤奏，谕崇节俭，重名器；用御史卞宝第奏，谕严赏罚，肃吏治，慎荐举。……同治初，寇乱未弭，兵连不解，两太后同心求治，登进老成，倚任将帅，粤、捻荡平，滇、陇渐定。
由此高评价中可知其执政能力之高。
恭亲王有才华有能力，也对皇室很忠心。八国联军侵华，咸丰逃往承德避暑山庄，让恭亲王留于北京处理谈判事宜。这项任务无疑是烫手的山芋，但是恭亲王接了，还接地很好。他任劳任怨地圆满完成了议和任务。慈禧太后提议给恭亲王“议政王”的头衔，但顾命八大臣却狠狠地排挤他，所以很有必要除掉顾命八大臣，才能让自己一展宏图。所以他和慈禧太后是天作之合，有深厚的合作基础，没有铲除慈禧太后的意愿、野心和必要。
所以说，恭亲王能够铲除八大顾命大臣，是八大顾命大臣咎由自取，恭亲王是顺水推舟和慈禧一起除之。而铲除慈禧？恭亲王没这实力，也没这必要。