在理清地勘体制改革总体思路的基础上，首先抓的应当是对现有地勘单位的改革和改组，因为它不仅关系到地勘体制改革的深化，也关系到几十万地勘队伍的生存和发展。从改革的内容看，现有的地勘单位的改革已经超出了地勘体制的改革。地勘单位面临的问题，主要表现在两个方面：
一是体制机制上的问题。即在计划经济体制下形成的地勘单位，是事业管理体制；而在市场经济体制下的地勘单位，除从事公益性、基础性地质工作外，其余地质工作都是企业行为。因此，大多数地勘单位要转化为企业，实际上是企业的改革。
二是结构上的问题。在计划经济体制下，用行政方法配置出来的庞大的地质勘查生产能力，在市场经济条件下，用市场机制来配置已经不需那么多了。即大多数地勘单位（估计80%以上）要转到非地勘产业，这是重大的结构调整。
这两个问题是相互关联的，第二个问题只有通过第一个问题的解决才能解决，因为生产经营结构调整本身就是一种企业行为，只有通过企业机制，才能给予有效的推动。所以大多数地勘单位的改革（保留的公益性地调队伍除外），从根本上说是实行事转企，即按国企改革的要求和部署推进改革。
一、要从国家调整国有经济布局中把握自己的位置
从地勘单位当前所从事的经营范围看，均不属于国有经济需要控制的行业和领域，而属于“其他行业和领域”，即都在竞争领域之中，要通过资产重组和结构调整，集中力量，加强重点，提高素质，在市场竞争中求生存、求发展。为此，应当以地勘局为单元，搞好产业结构调整，重点加强自己的主导产业和支柱产业，如地质勘查、矿业开发、工程勘察、基础施工等。培育骨干企业，发展规模经济；有的则形成企业群，在市场竞争中，有分有合，突出科技开发，占领行业至高点。
二、实行规范的公司制改革
要对主要产业和支柱产业中的企业，实行规范的公司制改革，建立有限责任公司或股份有限公司。实现产权多元化。首先是创造条件，吸收职工入股，把企业利益同广大职工财产利益结合起来，从根本上改革企业经营机制；其次新投入的增量资本，不再办独资企业，而是作为股权投入，可以在地勘单位之间相互参股，也可以同其他企业、其他所有制搞合资。通过公司制改革，重点构建好法人治理结构，明确股东会、董事会、监事会和经理层的职责，形成各负其责、协调运转、有效制衡的公司法人治理结构。所有者对企业拥有最终控制权。董事会要维护出资人权益，对股东会负责，对公司的发展目标和重大经营活动作出决策、聘任经营者。监事会对企业财务和董事、经营者行为发挥监督作用。经营者对企业日常生产经营活动负全部责任。
三、要从实际出发，放开搞活小型企业网点
对大多数地勘局来说，放小应坚持以地勘单位（地质大队一级）为主体，统筹考虑，加强领导，大胆推进；应坚持与产业结构调整、资本结构调整相结合，有利于以局为单元的主导产业、支柱产业的形成；应坚持与实施再就业工程相结合，采取各种措施、有利于人员分流；应坚持国有资产不流失，确保所有者权益。放小要采取多种形式，如股份合作制、合伙经营、产权出售、引资嫁接、企业兼并、租赁经营、承包经营、委托经营等。通过放小，国有资本要退出或者转为债权，实现产权制度的改革。
四、要努力减轻新办企业社会负担
在实施公司制改革和放活小型企业网点的同时，对原地质大队的基地进行改造，使其逐步形成物业管理中心，它的主要职责是：①负责基地房地产及公共的设施的维护管理；②负责原地勘单位承担的社会职能，如子弟学校、职工医院、托儿所、食堂等管理；③负责离退休人员及下岗人员的管理；④接受委托管理小型企业网点等。在经济上对物业管理中心实行独立核算，自收自支，经费包干，最终过渡到企业，交到地方，并入当地社会管理。物业管理的所有服务都是有偿的，收费标准要公平合理，经过批准。
五、要探索国家对地勘局、地勘局对所属企业股权管理的有效形式
按照国家所有、分级管理、授权经营，分工监督的原则，在地勘局（也可以改总公司或集团公司）这一级，争取省政府授权经营，对国有资产承担保值增值的责任。地勘局对所控股、参股的企业，则代表出资人，行使所有者的权益，确保出资人到位。此外，地勘局在地勘单位由事业向企业转化的过渡期，还负有管理地勘费分配、管理除股权之外的国有资产、管理离退人员和下岗职工的职责。
除上述大多数地勘单位之外，对“中央和省一级保留一部分承担基础性、公益性、战略性地质勘查任务”的地勘单位，也要进行改革。其体制设计大致可以分为三类：
（1）地质调查管理机关，包括国家地调局及派出机构。它是纯事业单位，负责国家确定的地质调查任务的下达式发包、监督执行及成果阶收。
（2）国家地调局直属的专业地质调查（或科研）机构。它是生产性事业单位，实行预算管理。按照下达的任务编制经费预算。按照确定的任务和预算开展工作，并进行考评。这些单位在确保完成任务的前提下，也可以开展对外有偿服务，以充分利用已有的生产要素，减轻国家财政负担，增加单位的效益。
（3）与国家地调局有项目联系的地质调查机构。它们可以是企业，也可以是科研单位或大专院校。联系的方式也是多种形式，有的发包招标，有的委托承包，有的长期合作。对项目联系单位，地调局可以提出资质要求，公平竞争。公益性地质调查，实行项目联系，有利于充分利用生产要素，提高专业化水平，符合我国地质勘查生产能力供大于求的实际。
地调局对直属事业单位和项目联系单位，在管理上必须有所不同。前者，在经费上应当管的严一些，防止挪用和流失；后者，在质量上应当严格把住关，在价款使用上不能干预，只要按合同保质保量完成任务，即应当承付价款。