据我所见，每一部都十分精彩，各有所好，如果实在要排我会按我自己喜欢给你排一下
1.沉默的15分钟
《沉默的15分钟》是《名侦探柯南》的第15部动画电影，也是《柯南》剧场版问世15周年的纪念作品。这部电影的舞台转到了“雪国”新潟。在覆盖积雪的大坝上，这部剧场版最新力作一定能带给观众未曾有过的新鲜体验。
这部剧场版能登上榜首实属预料之中，樱花纷飞、日式古典韵味浓厚的京都市本作的舞台，作者亲自到京都实地取景，浓浓的日式风格，暗号破解，连环杀人，新一的短暂登场，平次的幼时青涩爱恋，都是其他部剧场版不可比拟的。
3.第14个目标
《名侦探柯南 第十四个目标》是动画《名侦探柯南》的第二部剧场版，于1998年4月18日在日本上映。加入了小兰的父亲毛利小五郎和分居中的妻子妃英理的感情纠葛戏。华丽的布景可以说是它最大的卖点，特别是故事的高潮发生地——宏伟而神秘的海上饭店，在制作场景时，制作人员将东京以台场为中心的沿海街区真实的再现于动画中，加之以此真实地点为原型的而构造的海中摩天大厦，效果可以说是异常的浪漫动人。再加上那首由日本著名乐队ZARD演唱并被公认为《名侦探柯南》所有剧场版里最动听的主题曲——《仿佛回到少女时代》，以及其中小兰和柯南的“意外之吻”，使得此剧在日本上映时，票房接近20亿日元。
4.《贝克街的亡灵》
本作品把故事舞台设在了100多年前的伦敦，并把世纪悬案“开膛手杰克”引入其中，并给予了一个比较合理的结局，而片中涉及到的子女教育以及柯南和老爸之间深深的羁绊也是本片的一大看点。
5.天空的遇难船
日本著名推理动漫《名侦探柯南》的第十四部剧场版，于2010年4月17日在日本上映，在日本有32亿日元的票房收益。2010年7月9日在台湾上映，台湾的票房则为新台币1163万元。
6.战栗的乐谱
《名侦探柯南 战栗的乐谱》是动画《名侦探柯南》剧场版第12弹。导演依然由制作柯南动画已有10年之久山本泰一郎担任，剧本则再次由古内一成担任。在剧场版作品《战栗的乐谱》中，伴着《Ave Maria》、《Amazing Grace》（奇异恩典）等古典名曲，柯南为了查明真相而大显身手，把古典音乐和本格派推理完美融合在一起。
7.第十一个先锋
《第11个前锋》是日本动漫《名侦探柯南》第16部剧场版，小学馆成立90周年纪念作品，影片合作方为日本足球J联赛。讲述了柯南解除足球场炸弹威胁的故事。于2012年4月14日在日本公映，首周日本票房达到6亿2974万日元，成为周票房冠军。日本最终票房收入32.9亿日元，位列历史第4位。
8.绀碧之棺
《绀碧之棺》是日本动漫《名侦探柯南》第11部剧场版，2007年4月21日在日本上映。讲述了柯南等人在流传着由300年前两位女海盗留下的宝藏传说的小岛上和海底宫殿中发生的冒险故事。在日本获得25.3亿日元的票房。
9.通往天国的倒计时
《名侦探柯南 通往天国的倒计时》是日本动漫作品《名侦探柯南》的第五部剧场版。曾经是日本最受柯南迷喜欢的十部剧场版之一，中国柯谜最喜爱的五部剧场版之一。并且票选居首位，两次电视重播。青山老师在原作配合第五弹电影剧情，再次让黑暗组织出场，再让电影剧情衔接。这是继青山老师在漫画中让KID下战帖，帮忙为「世纪末的魔术师」下伏笔之后，第二次帮电影衔接剧情。
终于那些家伙全员出动，看不见出口的杀人游戏，现在，终于开始…… 危险的陷阱让时间陷入停止。 那些黑衣人的背后拥有凶恶的阴谋，这些家伙目的到底为何？？ 而且，灰原哀真正的真面目有是如何呢？雪莉在电话中说：“任务已进行完毕。” 以地面上300公尺的摩天大楼为死亡舞台，魔鬼般的手正在暗处悄悄伸向柯南！……
10.世纪末的魔术师 豆瓣：8.3 第3名 时光：8.2 第1名 日：第6名
《名侦探柯南 世纪末的魔术师》是日本著名动漫作品《名侦探柯南》的第三部剧场版动画。这部无论是从故事情节上还是从场景设置上都恢复了第一部所具有的高水准，主要内容是围绕着一颗罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“回忆之卵”而展开的，片长99分钟，1999年4月17日在日本上映，在日本有26亿日元的票房收益，另外，此作也是历代剧场版中第一部黑白漫画化的作品。
排得好纠结啊，~~楼主全看了吧~~~
参考平分排名http://tieba.baidu.com/p/2793711467
第一部：兰与新一生死悬与一线（的确是一线啊，如果她剪了红线，那不就都……）
第二部：柯南举枪射击为救兰，小五郎的“我不会让你死的，要让你知道犯下了多大的错误”让人震撼！
第三部：基德的出场首先让人兴奋，紧接着就是关于那颗蛋的一切和史考兵与柯南的对决很好看。
第四部：竟然设计出了让兰失去记忆的故事，让我们进一步感受到了新兰之间的情感，新一的那句“因为我喜欢你，比这地球上的任何一个人都喜欢”（源于小五郎向英理求婚时的一句话）让人感动良久啊！
第五部：同样是扣人心弦的片子，黑衣组织竟然现身，太多的片段让我至今想起来还心惊肉跳，同时也让人更加了解了哀内心的脆弱与孤独！
第六部：我认为是最有新意的一部，竟然把故事背景设成了十九世纪末的伦敦，而且还有福尔摩斯这位顶级侦探大腕的出现，还有同样很有名的莫里亚提教授现身，都让人很激动！（反正我看到这两个人的名字时是很高兴）
第七部：首先是另一位高中生侦探服部平次出现，又可以看到他们两个的精彩推理，再就是很重要的柯南竟然短暂的变回了新一的样子，和兰在月光下相见了几秒钟，看的时候脸上都不自觉的露出为他们高兴的笑容……
第八部：基德的再次出现令人兴奋，兰勇敢的驾驶飞机和对新一的表白（她还以为那个新一是基德假扮的）也同样很精彩！！
第九部只看了小说，暂不做评论。
个人最喜欢这一个。这一部有黑暗组织，灰原哀在剧场版中首度出场。
大看点：1.兰抱着柯南从摩天大楼上跳下的惊险场面
2.柯南的惊险飞车
小看点：1.园子改头换面，竟被黑暗组织错当成灰原
2.数30秒的游戏是一个伏笔
3.天才灰原根据公式心算出一堆巨复杂的数，强悍啊
NO2.瞳孔中的暗杀者
刑警接连遇害，兰失去了记忆，被杀人凶手玩命的追杀。
大看点：1.柯南和兰逃命的场面，简直太惊险了
2.柯南向兰表白
小看点：1.坚强的兰
2.兰失忆后，园子的表现令人刮目相看
3.柯南高超的滑板技术，人家架着滑板都冲上过山车的轨道了
NO3.贝克街的亡灵
柯南，兰与少年侦探队的成员们参加了一个游戏。这是一场以生命为代价的游戏，只有走到最后才能活下来。
大看点：1.兰跳下火车的场面
2.柯南与他老爸在虚拟与现实中的推理
3.福尔摩斯的世界
小看点：1.美丽的伦敦场景
2.少年侦探队的绅士精神和牺牲精神
NO4.引爆摩天楼
摩天楼即将爆炸，兰面临生与死的抉择。
大看点：1.拆除炸弹时，兰面临生与死的抉择，剪红线还是剪蓝线？
2.新兰之间的感情戏
小看点：1.新一的生日，以及他喜欢的颜色
2.万能的柯南，人家会拆炸弹，强悍
NO5.迷宫的十字路口
这一部主要是平次和和叶的戏份比较多。
大看点：1.精彩的剑道打斗
2.平次的初恋情人
3.柯南变回新一
小看点：1.那个暗号很有趣
2.京都的美景
3.平次与凶手的摩托车追逐战
NO6.第十四个目标
毛利小五郎身边的人一个一个的遭到攻击。先是暮目警官，然后是妃英理……
大看点：1.解释了毛利小五郎与妃英理分居的原因
2.最后，柯南向兰开枪的场面
小看点：1.毛利小五郎令人刮目相看
2.万能的柯南，人家还会开船
NO7.世纪末的魔术师
那个彩蛋不错，基德也很帅
NO8.银翼的魔术师
1.基德拌成新一的样子，柯南吃醋了。
2.飞机即将坠毁的场景
3.万能的柯南，人家还会开飞机呢
4.不得不提的是，基德的冷笑话不比阿笠博士的逊色多少
NO9.水平线上的阴谋
1.轮船即将沉没的场景
2.毛利小五郎的形象变得高大了
3.兰的回忆
NO10.绀碧之棺
怎么说呢？这部确实有些差强人意，不过那艘船还不错。暗号嘛，也还说得过去。
NO11.侦探们的镇魂歌
这个着实有些无聊了，唯一的一个看点就是几乎所有主角都出场了，甚至还有白马探（虽然是基德假扮的）。至于暗号嘛，怎么看都像是没事找事。最后的仅有一个稍稍惊险一点的场面，我认为那是想升华一下，但是没有升华好。总之比之前的，要差多了。
Afly
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2006-4-24
摩天大楼爆炸案（1997）
这无疑是上映的三部中最出色的一部，讲述的是一个绝对对称完美主义的建筑师利用频频发生的爆炸案对柯南发起的极限挑战的故事。这是一部制作得极其精良的作品，从故事情节上来说，并不是一个简单的杀人事件，而更像是美版的“虎胆龙威”以及“007”系列的综合版。在频频发生的爆炸案要求柯南必须在瞬间做出果断的抉择，同时还要时刻警惕罪犯向下一个目标发起攻击，此外柯南还必须发挥他的超级推理能力，将隐身于幕后的黑手绳之以法。全剧的推理性并不强，凶手几乎是显而易见的，它的胜利在于惊心动魄高潮迭荡的故事情节和气势宏大又充满真实感的火爆场景，当然新一和小兰之间的真情流露也是另一个不容忽视的卖点。剧中制作人员非常注重场景的真实性的表现的。高耸入云的米花大厦，气势恢宏的铁路大桥以及复古风格的儿童公园都显得是那样的美丽真实，给人一种身临其境之感。而频频出现的逼真爆破场面，更是锦上添花。而结尾处，那根连系着新一和小兰的拯救世人命运的红线触动了多少人的心啊！
主要内容：
某天，柯南在整理信件时，发现了一封寄给自己的信，原来是有名的建筑师——森谷帝二邀请新一去参加他举办的茶会。没办法以新一身分去参加的柯南，打电话要小兰等人代替他去，但小兰开出另一个条件，要新一和她在5月3日晚上十点一起去看电影。原来5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把这件事给忘了。在茶会上小兰和森谷帝二谈起要和新一约会的事。
到了5月3日当天下午，小兰便出门了。柯南在无可奈何之际，看见新闻说火药库的火药被窃，而且最近发生了许多纵火事件，似乎都出自同一人之手；而后这个犯人打电话给新一，声称手里有炸弹，要新一马上到堤向津川绿地公园，不然就会有人死。柯南用划板迅速赶往公园，发现侦探团的孩子正在玩一架来由不明的轰炸机。虽然柯南击毁了飞机，但还是发生了爆炸。
这时罪犯又来电话，说3点在米花车站广场会有炸弹爆炸，提示是在树下。柯南来到车站，发现原来炸弹是放在一个装猫的宠物篮内，因为日语树根和猫同音，但篮子被人拿走了。柯南好不容易才追到篮子，可只剩20秒了，这时记时器突然停了，但柯南刚把炸弹带走一会儿就又开始跳动。柯南将炸弹带离人群，但炸弹还是爆炸，他也受了伤，进了医院。
在医院里大家怀疑是新一的仇家干的，新一曾破的最有影响的案子是西多摩市的冈本市长开车撞人案，那个市长因为此案而下台，西多摩市的市政建设计划也因此而取消了……不久犯人又来电话，声称在东京都环状线上装了5颗炸弹，在下午4点后，行驶的列车速度不满60公里，或太阳下山了，那么就会爆炸，提示是炸弹在“XX之X”，而侦探团的孩子也在车上。柯南从太阳能想到，炸弹是在“铁轨之上”，但事后发现用去的炸药只是被偷的1/4。
白鸟警官发现几处被破坏的建筑都是森谷帝二30岁前设计的，大家来到森谷帝二家调查，柯南在他家的作品展览室发现了西多摩市的市镇建设计划模型……没多久柯南就使犯人露出了原形。看似结束的事件却尚未结束，犯人说他已把最大的炸弹放置在米花市政厅中了，而且……那不是小兰正处在的地方吗！此时离爆炸时间已所剩不多了……柯南尽全力来到大楼内，用电话联系小兰教她如何拆炸弹。最后，只剩下两条电线，到底应该剪哪条呢？是剪有小兰和新一的幸运色的那条？……此时是5月4日零点！
通往天国的倒计时
贝克街的亡灵
瞳孔的暗杀者
战栗的乐谱
沉默的十五分钟
以上就是我个人觉得名侦探柯南剧场版最好看的5部了。
通往天国的倒计时 这部剧是真的好看，压轴片段在最后少年侦探团开着车逃过了爆炸的大楼，小哀竟然在途中滑了下来，因为他们要降落的游泳池旁边有很多的柱子，会碰到弄伤小哀，这时候柯南用步美的摩托车帽踢了柱子的边缘，他们得救了!!
逃过爆炸的大楼的他们，站在旁边的大人们都目瞪口呆惊呆了，他们真的大难不死必有后福啊！不得不说少年侦探团都是难得一见的好知己!
贝克街的亡灵 这部剧也是很好看。在少年侦探团和一些体验 茧 游戏坠落了拥有人工智慧的诺亚方舟的魔爪里，只要出局就会再也回不来了。然而柯南这一边在伦敦100年前的神秘杀人犯 开膛手杰克 遇案了!经过一系列推理，终于柯南赢了，不得不说这次柯南是背着400多人的负担啊!
这就是我的观点了，我觉得 通往天国的倒计时 和 贝克街的亡灵 是青山刚昌老师最成功的两部作品了，以后我一定会继续追柯南这部剧的，青山刚昌老师一定会继续更新好的作品的，加油!