2月21日，拿破仑组建了“莱茵观测军”由马塞纳指挥，警告德意志诸国警惕奥地利的威胁。3月24日，他召回近卫军回巴黎，贝西埃尔接管德意志军团的骑兵。从3月28日至30日，拿破仑详细规划了德意志军团的部署，预计在4月15日奥地利军队会发起进攻。这支军团集结了拉纳、达武、马塞纳、勒费弗尔和贝西埃尔等将领的军队，共计145,000步兵和27,000骑兵，拿破仑面临西班牙战事的混乱和两线作战的挑战，仅马塞纳和达武两位元帅具备指挥大军的能力。西班牙战场上的元帅们互相竞争，使战局雪上加霜，拿破仑未能征服伊比利亚半岛。
拿破仑曾指示苏尔特入侵葡萄牙，维克托军提供支援，拉庇塞师负责连接行动。在葡萄牙，拿破仑被韦尔斯利击败，内伊军受西班牙战事牵制。拿破仑对约瑟夫不满，认为他没有及时联络内伊并合理调度军队。拿破仑对教皇不满，下令破坏罗马的反对势力。同时，他对儒尔当和克勒曼的指挥能力也持有质疑，要求他们与内伊公爵沟通。面对奥皇可能的进攻，拿破仑指示贝尔蒂埃做好应对准备。然而，查理大公未经宣战即入侵，导致法军分散，拿破仑庆幸奥军行动迟缓。尽管他下令军队集中，但执行不力，情报传递受阻，几乎陷入被动。
当法军接近诺伊堡时，拿破仑面临决战的可能，贝尔蒂埃的信件可能存在问题，建议在错误的位置设防。拿破仑任命贝尔蒂埃为副总司令，但这一决定可能对全军构成风险。得知奥军行动后，拿破仑调整部署，马塞纳和乌迪诺军向奥格斯堡集中，他本人则赶往多瑙沃尔特。巴伐利亚军面临奥军压力，拿破仑制定“兰茨胡特行动”战略，要求全力以赴。4月17日，他精心分布兵力：第三军在雷根斯堡，第二军在奥格斯堡，第四军接近奥格斯堡，其他军种也有所调动，总计148,200人。他强调军队集中以防止被分割，随后展开行动。
黎明前，拿破仑调动部队，马塞纳部需准备口粮。他派出副官侦察，发现奥军已渡过伊萨尔河。达武行动迟缓，与奥军交战。拿破仑指示马塞纳和乌迪诺军按计划进攻，预测战事即将结束。拿破仑随军行动，调整大本营位置，指挥部队推进并切断敌军交通线。尽管战斗进展缓慢，拿破仑持续调整部署，寻找有利时机。在21日查理大公的进攻下，法军在数量劣势下顽强抵抗，拿破仑重组兵力，支援达武，并在兰茨胡特逐出席勒军。22日凌晨，他部署兵力包围敌军，乌迪诺军也北上增援。
勒布伦将军的计划是中午进攻埃克缪尔，消灭查理大公的军队。拿破仑得知敌军位置后，决定采取行动，法军在埃克缪尔对奥军左翼发起进攻，取得实质性的胜利。战斗中拿破仑受伤，但未能达成主要目标，他重组部队，向维也纳进军。在艾贝尔斯贝格，马塞纳遭遇顽强抵抗，而席勒则在维也纳北部会合查理大公。最终，法军占领维也纳，拿破仑对情报缺失表示不满。
拿破仑对缺乏关键情报极度不满，要求在24小时内获取摩拉维亚等地的详细资料。他急于推进对奥地利的军事行动，安排炮兵司令桑给斯收集架桥物资，马塞纳负责架桥。虽然行动充满风险，拿破仑仍尝试在洪水期过河追击。架桥作业在凯泽埃伯斯多夫村对面进行，但法军陷入查理大公的陷阱，阿斯佩恩和艾斯林战役中遭受反击。桥梁受损，拿破仑命令修复，尽管面临连续打击，他仍坚守在拿破仑岛，等待进攻机会。
穆尔所率英军自科鲁尼亚撤走之后，拿破仑便以为他已排除了英军再次干涉西班牙的一切可能性。诚然，葡萄牙仍有待征服，但此事可以放在彻底打败奥地利以后再说。他现在的当务之急是竭尽全力攻占奥地利首都。通往维也纳的捷径是经由多瑙河谷。1805年，乌尔姆大捷之后，他就是由此打到维也纳的。