在穆尔率领的英军自科鲁尼亚撤退后，拿破仑原本以为已消除了英军再次干涉西班牙的威胁。他将目光转向了奥地利，计划在彻底击败奥地利之后再征服葡萄牙。攻占维也纳的关键路径是经由多瑙河谷，1805年乌尔姆战役的胜利就是他利用这条路线进军的实例。
1月24日，回到巴黎的拿破仑迅速开始筹备新的多瑙河战役。他根据情报判断奥军在4月15日前不会有所行动，因此他有足够的时间进行部署。2月15日，他命令贝西埃尔将军将驻守西班牙北方的近卫军调回巴黎。随后，情报部门提供了奥军最新的兵力分布情况：查理大公统率的九个军，右翼在波希米亚，包括贝利加德伯爵等将领，总兵力达十二万人；左翼在施蒂里亚和卡林西亚，由冯·席勒男爵等人指挥，总计九万五千人。此外，还有两个预备军，共计十万人，分别由费迪南大公和路易大公指挥，分别在加利西亚和维也纳附近。
面对奥军二十六万人的强大阵容，拿破仑意识到与1805年的情况不同，他无法立即发起主动进攻。因此，他明智地采取了攻势防御策略，选择集结德意志境内的部队在雷根斯堡附近，静观奥军动静，等待对手暴露意图后进行反击。然而，由于西班牙局势不稳定，他难以从该地区抽调大量兵力来加强多瑙河谷的力量。
穆尔所率英军自科鲁尼亚撤走之后，拿破仑便以为他已排除了英军再次干涉西班牙的一切可能性。诚然，葡萄牙仍有待征服，但此事可以放在彻底打败奥地利以后再说。他现在的当务之急是竭尽全力攻占奥地利首都。通往维也纳的捷径是经由多瑙河谷。1805年，乌尔姆大捷之后，他就是由此打到维也纳的。