一、申请农业合作社营业执照流程如下：
1、找到至少5名成员，农民成员所占比例不低于80%;
2、召开设立大会，选举理事会、监事会及理事长、监事长等;起草章程、确定合作社名称、住所、注册资本、营业范围等;
3、授权代理人办理到当地的县工商局办理合作社设立登记手续，材料合规当场办理，颁发营业执照;
4、到县公安局指定的刻字店刻制合作社公章;
5、质量技术监督局办理组织机构代码证;
6、税务局办理税务登记证;
7、到银行办理开户许可证，将对公账号报税务局。
二、具体需要提交的材料：
1.咨询后领取并填写《农民专业合作社（分支机构）名称预先核准申请书》，同时准备相关材料。
2.递交及相关材料，领取《名称登记受理通知书》等待名称核准结果。
3.同时领取《农民专业合作社设立登记申请书》等有关表格准备其他登记文件。
4.递交申请材料，材料齐全后领取《准予设立登记通知书》。
5.按确定的日期领取营业执照。
三、农业合作社营业执照办理条件：
1、股东符合法定人数;一般有限责任公司注册的股东限定为二个以上五十个以下;一人有限责任公司注册的股东限定为一名自然人股东或一名法人股东投资。
2、股东出资达到法定资本最低限额;公司全体股东的首次出资额不得低于公司注册资本的百分之二十，也不得低于法定的公司注册资本最低限额，其余部分由股东自公司成立之日起两年内缴足;其中，投资公司可以在五年内缴足;一般有限责任公司注册资本的最低限额为人民币三万元;一人有限责任公司注册资本的最低限额为人民币十万元，而且必须一次到位，不得分期缴足。注：特定行业的有限责任公司注册资本最低限额需高于以上所定限额的，由法律、行政法规另行规定(如：拍卖业至少需100万元注册资本;典当行至少需要300万注册资本)。
3、股东共同制定公司章程;制定有限责任公司章程，是设立公司的重要环节，公司章程由全体出资者在自愿协商的基础上制定，经全体出资者同意，股东应当在公司章程上签名、盖章。
4、有公司名称，建立符合有限责任公司要求的组织机构;有限责任公司注册，除其名称应符合企业法人名称的一般性规定外，还必须在公司名称中标明"有限责任公司"或"有限公司"。建立符合有限责任公司要求的组织机构，一般是指股东会、董事会、监事会、经理或股东会、执行董事、一至二名监事、经理。
5、有公司住所;有固定的生产经营场所和必要的生产经营条件。
6、申报的经营项目中需要前置审批的，应提供有关许可证。
法律依据：
《中华人民共和国农民专业合作社法》
第十二条
设立农民专业合作社，应当具备下列条件：
（一）有五名以上符合本法第十九条、第二十条规定的成员；
（二）有符合本法规定的章程；
（三）有符合本法规定的组织机构；
（四）有符合法律、行政法规规定的名称和章程确定的住所；
（五）有符合章程规定的成员出资。
第十六条
设立农民专业合作社，应当向工商行政管理部门提交下列文件，申请设立登记：
（一）登记申请书；
（二）全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；
（三）全体设立人签名、盖章的章程；
（四）法定代表人、理事的任职文件及身份证明；
（五）出资成员签名、盖章的出资清单；
（六）住所使用证明；
（七）法律、行政法规规定的其他文件。
登记机关应当自受理登记申请之日起二十日内办理完毕，向符合登记条件的申请者颁发营业执照，登记类型为农民专业合作社。
农民专业合作社法定登记事项变更的，应当申请变更登记。登记机关应当将农民专业合作社的登记信息通报同级农业等有关部门。
农民专业合作社登记办法由国务院规定。办理登记不得收取费用。
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