申请合作社营业执照的办理流程包括线下流程和线上流程，具体如下：
线下流程：
1、找到至少5名成员，农民成员比例不低于80%；
2、召开创立大会，选举董事会、监事会、董事长、监事会等。起草章程，确定合作社的名称、住所、注册资本和业务范围；
3、授权代理人在当地县工商局办理合作社设立登记手续，材料合规当场办理，核发营业执照；
4、到县公安局指定的刻字店刻字合作社公章；
5、质量技术监督局办理组织机构代码证；
6、税务局办理税务登记证；
7、去银行办理开户许可证，向税务局申报公众账号。
线上流程：
1、进入到支付宝界面点击市民中心
2、进入到界面，点击企业服务
3、进入到界面，点击营业执照办理
4、进入到界面输入身份信息，点击确认即可办理
申请合作社营业执照的办理材料是：
1、农民专业合作社设立登记（备案）申请书（登记系统自动生成）；
2、专业合作社设立大会纪要；
3、专业合作社章程；
4、法定代表人、理事的任职文件和身份证明；
5、出资清单（登记系统自动生成）；
6、成员名册和成员身份证明复印件；
7、市场主体住所（经营场所）使用证明（窗口索取），无偿使用证明或租赁合同；
8、指定代表或者委托代理人的证明；
9、市场主体自主申报名称信用承诺书、名称查询清单（登记系统自动生成）；
10、前置许可有关批准文件或者许可证件的复印件；
11、涉及后置许可的市场主体依法经营信用承诺书；
12、全体成员户口簿复印件。
农业合作社营业执照办理条件：
1、股东符合法定人数;一般有限责任公司注册的股东限定为二个以上五十个以下;一人有限责任公司注册的股东限定为一名自然人股东或一名法人股东投资。
2、股东出资达到法定资本最低限额;公司全体股东的首次出资额不得低于公司注册资本的百分之二十，也不得低于法定的公司注册资本最低限额，其余部分由股东自公司成立之日起两年内缴足;其中，投资公司可以在五年内缴足;一般有限责任公司注册资本的最低限额为人民币三万元;一人有限责任公司注册资本的最低限额为人民币十万元，而且必须一次到位，不得分期缴足。注：特定行业的有限责任公司注册资本最低限额需高于以上所定限额的，由法律、行政法规另行规定(如：拍卖业至少需100万元注册资本;典当行至少需要300万注册资本)。
3、股东共同制定公司章程;制定有限责任公司章程，是设立公司的重要环节，公司章程由全体出资者在自愿协商的基础上制定，经全体出资者同意，股东应当在公司章程上签名、盖章。
4、有公司名称，建立符合有限责任公司要求的组织机构;有限责任公司注册，除其名称应符合企业法人名称的一般性规定外，还必须在公司名称中标明""有限责任公司""或""有限公司""。建立符合有限责任公司要求的组织机构，一般是指股东会、董事会、监事会、经理或股东会、执行董事、一至二名监事、经理。股东人数较多，公司规模较大的适用前者，反之适用后者。
5、有公司住所;有固定的生产经营场所和必要的生产经营条件。
6、申报的经营项目中需要前置审批的，应提供有关许可证。
办理时限：申请人直接到登记场所提交行政许可申请，材料齐全、符合法定形式的，登记机关当场作出登记决定，并在10个工作日内核发营业执照或其他登记证明;不能当场作出决定的，5日内作出审查决定。