小规模纳税人缴纳增值税的做账方式是通过“应交税费——应交增值税”科目进行核算。
首先，当小规模纳税人发生应税销售行为时，应按照销售额和征收率计算应缴纳的增值税额，借记“应收账款”、“银行存款”等科目，贷记“主营业务收入”、“其他业务收入”等科目，同时贷记“应交税费——应交增值税”科目。这样，就将应缴纳的增值税额记录在了账上。
其次，小规模纳税人实际缴纳增值税时，借记“应交税费——应交增值税”科目，贷记“银行存款”科目。这样，就将实际缴纳的增值税额从账上划转出去，完成了做账的过程。
举个例子，假设某小规模纳税人本月销售额为10万元，征收率为3%，则应缴纳的增值税额为3000元。该小规模纳税人应借记“应收账款”或“银行存款”10万元，贷记“主营业务收入”10万元，同时贷记“应交税费——应交增值税”3000元。实际缴纳增值税时，借记“应交税费——应交增值税”3000元，贷记“银行存款”3000元。
需要注意的是，小规模纳税人的增值税核算相对简单，但也需要按照规定的程序和方法进行，以确保账务的准确性和合规性。同时，小规模纳税人也应该关注税务政策的变化，及时调整做账方式和核算方法。