清朝入关后，封明朝三位降将吴三桂、尚可喜（后为其子尚之信）、耿继茂（后为其子耿精忠）为王。康熙十二年（1673），康熙帝下令撤藩，结束其各拥兵自重、独霸封地的局面。
朝廷的撤藩令下达后，“三藩”之首的吴三桂非常气愤，便密谋叛清。康熙十三年（1674）一月，吴三桂杀死云南巡抚朱国治等清朝官吏后，自称周王，并向湖南进兵，清兵措手不及，节节败退。随即，靖南王耿精忠、平南王尚之信等部纷纷起来呼应。至此，三藩之乱形成。
三藩之中，吴三桂的势力是最强的，给清政府造成了极大的威胁，但他目光短浅，并没有乘势追击，贻误战机。康熙帝从容迎敌，并清楚地认识到三藩之中吴三桂是祸首，三桂灭、诸藩散。战斗进行了两年多，战场形势逐渐发生逆转，西面叛军王辅臣投降；东面耿精忠作战不力，势穷乞降；不久广东、广西的尚之信也放下武器。在这期间，吴三桂病死，其子吴世藩继位。康熙二十年（1681），昆明被清军攻陷，吴世藩自杀。尚之信在1680年被赐死，耿精忠被俘后解至京师处死。这场历时8年、蔓延10省的“三藩之乱”终于被平定下来。