农民专业合作社与农村集体经济组织有3点不同：
一、两者的概述不同：
1、农民专业合作社的概述：农民专业合作社是以农村家庭承包经营为基础，通过提供农产品的销售、加工、运输、贮藏以及与农业生产经营有关的技术、信息等服务来实现成员互助目的的组织。
2、农村集体经济组织的概述：农村集体经济组织是除国家以外对土地拥有所有权的唯一的一个组织。
二、两者的性质不同：
1、农民专业合作社的性质：属于农业现代规模经营形式。
2、农村集体经济组织的性质：农村集体经济组织既不同于企业法人，又不同于社会团体，也不同于行政机关，自有其独特的政治性质和法律性质。
三、两者的起源不同：
1、农民专业合作社的起源：合作经济是一个全球性的概念和时间活动。早在19世纪，西方一些国家就开始了合作经济的探索。
2、农村集体经济组织的起源：农村集体经济组织最初由解放后的合作化运动，农户将自己的生产资料（土地、较大型农具、耕畜）交出来形成集体，从而组建成以生产队为单位的集体经济组织。
参考资料来源：百度百科-农民专业合作社
参考资料来源：百度百科-农村集体经济组织
农民专业合作社与传统农村集体经济组织有以下区别：
（1）农民专业合作社是农民自发组织起来的。
我国农村实行家庭承包经营后，农民面对日益激烈的市场竞争，自觉产生了联合起来的要求，用组织起来的力量，共同进入市场，以提高农产品的竞争力，增加自己的收入。农民专业合作社是适应市场经济的需要而产生的，在它的发展过程中，没有来自政府的行政干预，是农民自己的组织。
（2）农民专业合作社实行“入社自愿、退社自由”的原则。
农民可以自愿加入农民专业合作社，根据自己意愿可以加入一个或者多个合作社。社员也可能以按照自己意愿退出合作社，并依法办理相关的财产交割。同时，农民专业合作社成员资格是开放的，不仅仅局限于同一社区的农民，规模大一点的合作社，其成员往往分布在不同的村庄、乡镇、甚至更大的范围。
（3）农民专业合作社是专业的经济组织。
农民专业合作社以同类农产品的生产或者同类农业生产经营服务为纽带，来实现成员共同的经济目的，其经营服务的内容具有很强的专业性。
（4）农民专业合作社是新的独立的市场主体。
联合起来的农民通过专业合作社参与市场活动，提高了农业生产和农民进入市场的组织化程度，也是一个新的市场主体，依法登记的农民专业合作社，具有法人资格。
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