第一，积怨已深，你死我活。
慈禧太后与光绪皇帝从1885年，中法战争开始就矛盾重重，当时慈禧主和，光绪主战，此后甲午战争失败，慈禧发动戊戌政变，囚禁光绪，在1900年逃出北京时，将光绪爱妃推到井里摔死，还有企图废掉皇帝的大阿哥事件……这一切都值得两人之间积怨很深，水火不容。
慈禧太后早就想废掉光绪，甚至直接杀掉，再找个听话的傀儡。但是当时由于列强的反对，使得大阿哥事件不了了之，对此慈禧太后很是生气，最后借助义和团打击列强也就是为了报复。因此，慈禧太后和光绪早已经是有我没你，有你没我，生死不同路的两个人。
二、怕死后不安宁。
从国家发展来说，让光绪复位，继续变法才是唯一途径。但是，作为晚清实际掌权的慈禧太后，考虑的不是国家。仅仅是自己的权利和荣华富贵，就像八国联军打进北京后慈禧太后说的，只要不处置自己，就要“量中华之物力，结予国之欢心”。
因此，慈禧自己杀掉光绪，立新皇帝，新皇帝必然对自己感恩戴德，那么自己死后不仅风光大葬，更能被推崇，成为青史留名的人。
第三，要为后人想。
慈禧太后掌权50多年，提拔了很多亲族、亲信。这些人也是慈禧能够发动政变囚禁皇帝的基础，而一旦皇帝复位，这批人全部可能都要陪葬，最轻的也都会丢官。那么即使慈禧太后不杀光绪，这些人也会天天撺掇杀掉光绪的。
当时慈禧太后已经将溥仪养在宫中，让自己的亲族掌权。所以，光绪必须死。因此，慈禧太后杀掉光绪，就成了顺理成章的事。
扩展资料：
在清朝灭亡以前，即宣统三年四月长期陪侍光绪皇帝的翰林院侍读学士、起居注官恽毓鼎已写成《崇陵传信录》，这是光绪帝的一本传记。其中说：
“（光绪三十四年）十月初十日，上率百僚，晨贺太后万寿，起居注官应侍班，先集于来薰风门外，上步行自南海来，入德昌门，门罅未阖，侍班官窥见上正扶奄肩，以两足起落作势舒筋骨，为拜跪计。
须臾忽奉懿旨‘皇帝卧病在床，免率百官行礼，辍侍班。’上闻之大恸。时太后病泄泻数日矣，有谮上者谓帝闻太后病，有喜色。太后怒曰：‘我不能先尔死。’”（《崇陵传信录》）
参考资料来源：人民网——戴逸：慈禧临终前令亲信下手毒死光绪
在晚清，慈禧能够掌权近半个世纪，在她掌握大清政权的几十年间，中国与西方国家的差距越拉越大，最终成为清政府灭亡的罪魁祸首。一生多次垂帘听政长达四十七年，是清朝后期的实际掌权者，被称为中国第二任女皇帝。慈禧对中国近代历史的走向影响巨大。
1908年11月15日，慈禧去世。慈禧去世的前一天，光绪帝也驾崩了。所以慈禧早就定好了后事，一是命醇亲王载沣为摄政王，二是立年仅两岁的溥仪为帝。除此之外，慈禧临死前还曾预言，能挽救中国于水火之中的人，唯有袁世凯。慈禧何出此言？
慈禧和袁世凯的渊源始于戊戌变法，袁世凯背叛维新派，像光绪高密，最终得到了慈禧的赏识和信任，把他当成忠臣对待，自此，袁世凯也开始走向了仕途。受到了慈禧十分的恩宠。1899年1月，慈禧接见了袁世凯，赏其在西苑门内骑马，后又将袁世凯的新建陆军改为武卫右军，成为慈禧的心腹部队。
慈禧在临死前为了维持大清朝的统一，希望袁世凯辅佐年仅三岁的溥仪，因为她知道还是孩童的溥仪，是没有能力挽救水深火热的国力羸弱的清朝政府，为了大清的一线希望只能讨好袁世凯。后来的事实证明，慈禧的预言是对的。辛亥革命后，也正是由于袁世凯的存在，溥仪才能和平退位，使得清朝免于战火，而且还享受了一系列优待条件，这对清朝、对中国而言都是一件好事。
所以说，慈禧说只有袁世凯才能救中国并不是信口胡说，袁世凯的这一辈子，提出了不少西方先进的前卫观点，但最后都毁灭在他的称帝救国的欲望中，但是我们也不能磨灭他曾经对中国做出的贡献！现在很多学者对袁世凯犯的错误进行了推翻和澄清，而且对他当时对中国做出的贡献给予了肯定的态度。
还有一个原因，她怕。她死后，光绪也许会得势，到时候，把她的恶行招致天下，她就遗臭万年了。虽然现在她也遭受我们的谴责，但这和光绪下文是完全不一样的。她要死后也是大清的太后……