不合法。
现行的《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规并没有赋予企业罚款权。罚款实质上是一种剥夺员工财产权的行政处罚行为，依据相关行政法律规定，只有法律授权范围内的行政机关才有行政处罚权，企业作为一种营利性组织，没有罚款权。
从《劳动法》原理来说，劳动关系是强弱对比明显的法律关系，用人单位设置罚款对劳动者是不公平的。司法实践中，劳动仲裁委和法院也大都认为用人单位无权直接对职工进行罚款，企业的多数罚款均是无效的，职工有权不予支付或讨回。
【法律法规】
《中华人民共和国劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》
第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
扩展资料：
1、“迟到罚款”的规定不合法，如果有员工遇到这样的问题，可以到劳动部门进行投诉。
2、根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条规定：
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
参考资料来源：中新网--“公司规定迟到一次罚100”违法 职工有权讨回
劳动者迟到属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。公司依法有权对员工的违规行为作出处罚，但前提是公司有处罚依据，并且是合法制定的。因此，罚款是否合法，一看公司是否有相关规章制度规定;二看规章制度是否合法。如果公司没有相关规章制度规定，作出处罚是没有依据的，是违法的。但严格的讲公司对于迟到不是罚款，罚款是行政处罚的一种，必须有行政立法机关进行立法规定。因为公司不是行政执法机关，没有罚款权限。所谓的罚款其实是对工资的扣除，这个是合法的，因为你违反了公司的制度，但是劳动法和工资支付暂行规定也规定了公司对于迟到员工的处罚不得超过当月工资的20%，另外扣发完工资后不得低于最低工资标准。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。 用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。 用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
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根据劳动法规定，单位是不可以克扣或者无故拖欠劳动者的工资，若员工因为严重失职，营私舞弊，等对用人单位利益造成重大损害的情况下，单位可以根据实际情况按照当地劳动部门相关要求进行追讨经济损失。员工短时间迟到，一般不会对公司造成很大的损失因此是不允许进行罚款的。
《中华人民共和国劳动法》
第二十五条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害的；
（四）被依法追究刑事责任的。
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
第五十一条 劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。