扬子鳄有冬眠的习性，因为它所在的栖息地冬季较寒冷，气温到0℃以下，这样的温度使得它只好躲到洞中冬眠。据观察，它冬眠的时间从10月下旬开始到第二年的四月中旬左右结束，算来扬子鳄冬眠的时间有半年之久。它用以冬眠的洞有些不一般，洞穴距地面两米深，洞内构造复杂，有洞口、洞道、室、卧台、水潭、气筒等。卧台是扬子鳄躺着的地方，在最寒冷的季节，卧台上的温度也有十摄氏度左右。扬子鳄在这样高级的洞内冬眠，肯定是非常舒适的。它在冬眠的初始和即将结束的这两段期间内，人眠的程度不深，受到刺激能够有反应。中间这段时间较长，且人眠的程度很深沉，就好像死了似的，看不到它的呼吸现象。