扬子鳄在分类学上位于脊椎动物、爬行纲、鳄目、鼍(tuō)科。
扬子鳄又名鼍，或称中华鼍、土龙、猪婆龙。将扬子鳄称为鼍，早在商殷的甲骨文里就有记载了。古人常认为鼍是龙的一种。李时珍的《本草纲目》一书就将扬子鳄称为“鼍龙”。老百姓则将它称为“土龙”，“猪婆龙”。总之古代人们将扬子鳄视为“龙”。
扬子鳄身长2米左右，体重10～30公斤，全身明显地分为头、颈、躯干、四肢和尾。全身皮肤革制化，覆盖着革制甲片，腹部的甲片较软。背部呈暗褐色或黑黄色，腹部为灰色，尾部长而侧扁，有灰黑或灰黄相间的条纹。它的尾是自卫和攻击敌人的武器，在水中还起到推动身体前进的作用。它的四肢较短而有力，一对前肢和一对后肢有明显的区别：前肢有五指，指间无蹼，后肢有四趾，趾间有蹼。这些结构特点适于它既可在水中也可在陆地生活的特点。
扬子鳄有冬眠的习性，因为它所在的栖息地冬季较寒冷，气温到0℃以下，这样的温度使得它只好躲到洞中冬眠。据观察，它冬眠的时间从10月下旬开始到第二年的四月中旬左右结束，算来扬子鳄冬眠的时间有半年之久。它用以冬眠的洞有些不一般，洞穴距地面两米深，洞内构造复杂，有洞口、洞道、室、卧台、水潭、气筒等。卧台是扬子鳄躺着的地方，在最寒冷的季节，卧台上的温度也有十摄氏度左右。扬子鳄在这样高级的洞内冬眠，肯定是非常舒适的。它在冬眠的初始和即将结束的这两段期间内，入眠的程度不深，受到刺激能够有反应。中间这段时间较长，且入眠的程度很深沉，就好像死了似的，看不到它的呼吸现象。
刚刚从冬眠中苏醒过来的扬子鳄，首先要全力以赴去觅食。过不多久，体力充分恢复后的扬子鳄们，雌雄之间开始发出不同的求偶叫声和雌雄一呼一应，在百米之外可听到雄鳄洪亮的叫声和雌鳄较为低沉的叫声。它们以呼叫声作为信号，逐渐靠拢，聚合到一起。这时大约已经到了6月上旬。扬子鳄在水中交配，体内受精。到了7月初左右，雌鳄开始用杂草、枯枝和泥土在合适的地方建筑圆形的巢穴供产卵用。巢穴建成以后，产卵期也到了。7月中旬左右雌鳄开始产卵，每巢约产卵10～30枚。卵为灰白色，比鸡蛋略小。卵上面覆盖着厚草，此时已是夏季最炎热的季节了，很快，部分巢材和厚草在炎热的阳光照射下腐烂发酵，并散发出热量，鳄卵正是利用这种热量和阳光的热能来进行孵化。在孵化期内母鳄经常来到巢旁守卫，大约两个多月的时间，母鳄在巢边听到仔鳄的叫声后，会马上扒开盖在仔鳄身体上面的覆草等，帮助仔鳄爬出巢穴，并把它们引到水池内。仔鳄体表有桔红色的横纹，色泽非常鲜艳，与成鳄体色有明显的不同。