1.病毒
目前水产动物疾病研究最为透彻的就是病毒病，国家在这方面投入大量人力物力及其他相关资源。目前已经在水产养殖动物体内发现的病毒有呼肠孤病毒、虹彩病毒、弹状病毒、双节段RNA病毒、疱疹病毒、对虾白斑综合征病毒、中华鳖病毒、对虾杆状DNA病毒、小核糖核酸病毒、罗湖病毒及双顺反子病毒等等。其中一些病毒可以引起鱼类、两栖类和爬行类在内的多种水产动物发病，如虹彩病毒科成员，由于其不仅感染蛙，还能跨种传播感染养殖和野生的各种低等脊椎动物，如引起无尾目的牛蛙、有尾目的大鲵、龟鳖目的中华鳖等两栖爬行动物高致死率而受到关注。
2.真菌
水产动物真菌病原种类较少，主要包括水霉、鳃霉、棉霉、丝囊霉菌以及近期笔者在黄颡鱼体内分离到的不规则毛霉等。致病机制主要是水产养殖动物出现外伤（如人工或者寄生生物导致的），随后霉菌寄生，产生溃烂，如果再进一步发生细菌继发性感染，很可能导致养殖动物快速死亡。
3.细菌
细菌性疾病是水产养殖动物所遭遇的病原种类最多、致病机制最复杂、死亡率最高的疾病类型。目前报到的水产养殖动物细菌性疾病病原种类达上百种，最典型的包括气单胞菌、链球菌及弧菌等。
链球菌在淡水养殖中导致发病的养殖品种种类日趋增多，主要包括鲟鱼、罗非鱼、斑点叉尾鮰及黄颡鱼等。在淡水养殖中，链球菌致病种类有海豚链球菌、无乳链球菌及停乳链球菌等，主要引起鱼类脑膜炎及肿嘴等症状。据研究表明，人和牛的无乳链球菌血清型Ia，III和v可以感染罗非鱼，并明确了其感染机制。
4.寄生虫
水生动物（无论是养殖还是野生的）与其他的任何动、植物一样，在其生长发育的过程中，体内外均可能出现有各种寄生虫寄生的现象。因为鱼类的种类不同，在其体内外寄生的寄生虫种类也可能是不同的。当鱼体上只有少量寄生虫寄生，对鱼体的生长发育不产生不良影响时，养殖业者将这些寄生有寄生虫的鱼体称为某种寄生虫的携带者，而当鱼体上有某种寄生虫大量寄生并影响到鱼体的健康时，就将这些鱼类视为发生了寄生虫病。