主要有以下几方面的因素
温度：除一些特殊的嗜热蛋白，绝大多数蛋白质在低温时更容易保持稳定。故长期保存蛋白质需要超低温（-80度）冻存，或者液氮抽滤成冻干粉。
pH：过酸或者过碱的pH环境容易导致蛋白质变性沉淀，而过于接近蛋白质等电点的pH环境也容易造成蛋白质不稳定。
盐浓度：不同的蛋白质有不同的亲疏水性，也就是说有些蛋白质在较低的盐浓度时比较稳定，有些则相反。
化学试剂：一些化学试剂如重金属盐、尿素、乙醇、盐酸胍等等会破坏蛋白质结构，造成蛋白质不稳定。
物理因素：剧烈搅拌或者震荡形成的剪切力，加压造成的内部肽键断裂都会造成蛋白质的不稳定。
紫外线等：应注意蛋白溶液的避光尤其是避免日光的直接照射。光氧化会造成蛋白质的变性或失活。强烈的紫外光和离子辐射都会导致键的断裂影响蛋白质的稳定性。
微生物污染：空气中的微生物因为蛋白溶液有较高的营养而更容易生长繁殖，故需注意蛋白溶液的密封性，以抑制微生物尤其是细菌的生长。