中国大陆的近邻黄海和渤海生物区系处在北温带海的边缘，东海和南海属亚热带性质，各自呈现了大海洋生态系统的特点。在中国近海的黑潮流域、河口水域和上升流区都表现出了生态系统的多样性。
黑潮流域（局部）生态系统
黑潮可以说是中国海陆架区毗邻的最大流系，它的热量和水量对中国陆架区浅海都有重大影响，还是世界上强海流之一。黑潮生物主要类群的生态特点多样，如浮游植物有高温高盐种，偏高温低盐种，偏低温高盐种和广温广盐种。浮游动物包括暖温带近岸类群和热带大洋类群。海上的鱼类通常可分为上层鱼、中层鱼、下层鱼等。因为黑潮的高温、高盐特征，有它的指示种，尤其是浮游生物指示种。
河口生态系统
在中国的沿海，大约有1500多条江河入海。河口和它附近的水域，因为大量的淡水和陆源物质的注入，形成了独特的河口类型的海洋生态系统。中国的三大河口区——长江口、黄河口和珠江口，现已鉴定的浮游植物种类分别是64、103、224种；浮游动物是105、66、133种；底栖生物与潮间带生物分别是153、191、456和41、195、189种；游泳生物则是189、144和356种。因为河口区生态环境的特殊性决定了三大河口区的群落结构有共同特点：可以分为淡水群落、咸淡水群落、海水群落三个类型。
上升流生态系统
在我国渤海的中部，黄海冷水团区，山东半岛近海，浙江近海，闽南沿海，台湾西南，粤沿海，海南东南部都有上升流区，上升流的水文现象，形成了特殊的生态系统。通常，上升流生态系统的特点是生产力水平高、食物链较短、物质循环快、能量转换效率高。