中国大陆的近邻黄海和渤海生物区系处在北温带海的边缘，东海和南海属亚热带性质，各自呈现了大海洋生态系统的特点。在中国近海的黑潮流域、河口水域和上升流区都表现出了生态系统的多样性。
黑潮流域（局部）生态系统
黑潮可以说是中国海陆架区毗邻的最大流系，它的热量和水量对中国陆架区浅海都有重大影响，还是世界上强海流之一。黑潮生物主要类群的生态特点多样，如浮游植物有高温高盐种，偏高温低盐种，偏低温高盐种和广温广盐种。浮游动物包括暖温带近岸类群和热带大洋类群。海上的鱼类通常可分为上层鱼、中层鱼、下层鱼等。因为黑潮的高温、高盐特征，有它的指示种，尤其是浮游生物指示种。
河口生态系统
在中国的沿海，大约有1500多条江河入海。河口和它附近的水域，因为大量的淡水和陆源物质的注入，形成了独特的河口类型的海洋生态系统。中国的三大河口区——长江口、黄河口和珠江口，现已鉴定的浮游植物种类分别是64、103、224种；浮游动物是105、66、133种；底栖生物与潮间带生物分别是153、191、456和41、195、189种；游泳生物则是189、144和356种。因为河口区生态环境的特殊性决定了三大河口区的群落结构有共同特点：可以分为淡水群落、咸淡水群落、海水群落三个类型。
上升流生态系统
在我国渤海的中部，黄海冷水团区，山东半岛近海，浙江近海，闽南沿海，台湾西南，粤沿海，海南东南部都有上升流区，上升流的水文现象，形成了特殊的生态系统。通常，上升流生态系统的特点是生产力水平高、食物链较短、物质循环快、能量转换效率高。
总体上说，世界海洋就是一个连续的整体。尽管人们把世界海洋虽然人们把世界海洋划分为几个大洋和一些附属海，但是它们之间并没有相互隔离。海水的运动（海流、海洋潮汐等），使各海区的水团互相混合和影响。这是与陆地生态系不同的一个特点。大洋环流和水团结构是海洋的一个重要特性，是决定某海域状况的主要因素。所以形成各海域的温度分布带──热带、亚热带、温带、近极区（亚极区）和极区等海域；暖流和寒流海域；水团的混合；水团的垂直分布和移动；上升流海域等，统统会对海洋生物的组成、分布及数量有很大影响。
事实上，太阳光线在海水中的穿透能力远不及它在空气中的力量。日光射入海水以后，衰减很快。所以在海洋中，只有在最上层海水才能有足够强的光照保证植物的光合作用过程。在某一深度处，光照的强度减弱到能使植物光合作用生产的有机物质仅能补偿其自身的呼吸作用消耗。这一深度被称为补偿深度。在补偿深度以上的水层被称为真光层。真光层的深度（即补偿深度）主要取决于海域的纬度、季节和海水的混浊度。在有些透明度比较大的热带海区，深度能够达到200米以上。在很混浊的近岸水域，有时深度只有数米。
海水的比热比空气大得多，导热性能差。所以，海洋中海水温度的年变化范围不大。两极海域全年温度变化幅度约为5℃，热带海区小于5℃，温带海区一般为10～15℃。在热带海区和温带海区的温暖季节，表层水温较高，但往下到达一定深度时，水温急剧下降，很快达到深层的低温。这一水层被称为温跃层。温跃层以上称作混合层，原因是这一层的海水能够上下混合。温跃层以下的海水都很稳定。
相对于淡水而言，海水的含盐量更高，大约是35‰，且都很稳定。