南京研究生院校主要有南京大学、东南大学、南京理工大学、南京航空航天大学、河海大学、南京农业大学、南京财经大学等。
南京大学（985、211综合类）；
东南大学（985、211综合类）；
南京理工大学（国防985、211工科类）；
南京航空航天大学（国防985、211工科类）；
河海大学（211工科类）；
南京农业大学（211农业类）；
南京财经大学（财经类，虽然没有研究生院也不是211工程院校，但是在经济学方面也是不错的）。
这以上七所学校在经济学上如果分三档的话：
第一档高校：南京大学。
第二档高校：东南大学、南京财经大学、南京理工大学、南京航天航空大学。
第三档高校：南京农业大学、河海大学。
南京部分研究生院校介绍：
1、南京大学
南京大学综合性学科优势明显，汇聚了一大批实力雄厚的基础优势学科，且新兴学科发展迅速。
学科高原和高峰有利于高层次研究生成长成才。现有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，“双一流”建设学科15个，江苏高校优势学科建设工程三期项目立项学科19个、江苏省一级学科重点学科18个。
2、东南大学
在东南大学创建世界一流大学发展目标的驱动下，学校的优势学科确立了以世界一流学科为标杆建设高峰学科的目标，学科建设水平得到了整体提升。
工程学、计算机科学、材料科学、数学、物理学、化学、临床医学、生物学与生物化学、药理学与毒理学、神经科学与行为科学、社会科学总论、环境科学与生态学、其中工程学列15位，进入ESI世界前万分之一，计算机科学列11位，进入ESI世界前千分之一。
3、南京理工大学
南京理工大学是隶属于中华人民共和国工业和信息化部的全国重点大学。
学校始建于1953年，1978年，获批成为全国首批重点大学；1995年，学校成为国家首批“211工程”重点建设高校；2011年，获批建设“985工程优势学科创新平台”；2017年，入选“双一流”建设高校，“兵器科学与技术”学科入选“双一流”建设学科。
