第一个问题：要看你的个人需要和方向了，根据不同的要求选择不同扩增方式，首先如果你扩增
原核生物基因，那就是要的基因DNA序列的ORF区，从ATG到TAA，因为原核基因一般没有
内含子，只需从
基因组中扩即可；如果你要克隆表达真核基因，那么就要提取RNA，
逆转录成cDNA之后设计
引物扩增全CDS区，当然如果你要研究整个基因的mRNA的话，也可以用3‘或5’ -RACE kit 拉全长，这个难度稍高一点，如果只是要比较该基因的相对表达量，用
定量PCR的话，只需针对该mRNA序列合适位置设计100-250bp长度的引物即可，一般位于CDS区，引物尽量在相邻exon接缝处。
第二个问题：运用DNAMAN寻找保守序列，首先搜索各变体序列，分别在DNAMAN建立的‘new sequence’文档中
命名保存，然后点击‘序列’工具栏中-比对-多序列比对 选项 ，在对话框中选择‘文件’，选择之前保存的待比对序列文件，-打开，确定‘DNA’比对选项-点击 下一步-对话框内 选择比对方式（根据不同需要，一般选择，完全比对，快速比对，如果是测序结果也可以选择双链比对）-之后点击下一步（参数一般默认）-一直到出现比对结果，就可以看到保守序列位置了。