近年来，藻菌共生系统的研究发展呈现出从自然生长转向人工控制的新阶段。1962年，R.E.麦金尼提出了利用藻菌共生系统处理污水的构想，这种系统因其在人工控制下的运行方式，被称为“活性藻类”。它是在特定的构筑物中培育出的藻菌共生系统，旨在优化污水处理。1965年，V.N.瓦伯赫首次引入“活性藻类”概念，随后E.C.麦克里夫等人对其进行了实验研究，发现活性藻类在去除氮、磷营养元素和有机废物，降低BOD和COD方面表现出色，因此，受控的藻菌共生系统被确认为污水处理的有效手段。
有学者指出，藻菌共生系统不仅能处理污水，还具备资源回收的价值。例如，通过回收经济价值高的藻类和鱼类，将废弃物质转化为可用资源。然而，在处理有毒废水时，回收产品的安全性问题需谨慎对待，以免积累残毒。
中国自古以来就有利用生活污水养鱼的传统，这可以视为天然藻菌共生系统处理污水的实践。从70年代开始，中国科学院水生生物研究所等机构开始研究受控的藻菌共生系统，如处理氨态氮废水、印染废水和炼油废水。在湖北省鄂城县鸭儿湖的案例中，采用氧化塘的天然藻菌共生系统成功治理了污染，并对共生系统作用机理进行了深入探究。
近十余年来，中国在各地推广氧化塘污水处理技术时，对藻菌共生系统的研究进一步深化。研究结果显示，这种系统不仅能有效去除氮、磷、有机物，降低BOD和COD，还能在控制大肠杆菌、抑制有害物质生成和病毒清除等方面发挥显著作用。
近10多年，中国在不同气候地区开展的氧化塘污水处理技术的应用研究中，对藻菌共生系统也进行了深入的研究工作结果表明该系统不仅能明显去除N、P、有机物，降低BOD（生化需氧量）、COD（化学需氧量）等，而且在控制和净化大肠杆菌、诱变活性物质和病毒方面也同样具有显著效果。